[发明专利]一种分子标志物肿瘤缺失突变负荷的检测方法

权利要求书

1.一种分子标志物肿瘤缺失突变负荷的检测方法，其特征在于，包括以下步骤：

S1：采集肿瘤患者的样本，所述S1中肿瘤患者的样本为组织样本或者外周血液样本，其中，所述组织样本包括福尔马林固定、石蜡包埋组织、新鲜组织、冰冻组织以及由前述样本提取的DNA标本；所述外周血液样本包括外周血全血、从外周血中分离的血浆以及从血浆中提取的游离DNA样本；

S2：利用探针捕获或者扩增子技术进行针对人类基因组目标区域的富集；

S3：对人基因组中与肿瘤发生发展相关的特定目标基因区域进行测序；

S4：针对所有捕获区域，使用生物信息算法，经过样本数据质控、低质量数据过滤、比对参考基因组、变异检测、变异过滤以及变异注释后，最终得到可信的插入缺失变异InDel、计算编码区CDS每百万个碱基缺失突变位点的个数过程，获得TDB数值；所述S4中样本数据质控的具体过程包括根据设计的单核苷酸多态性位点，计算肿瘤组织和对照样本是否来自于同一个患者；若肿瘤组织和对照样本质控位点不同，则表示二者来自于不同个体，质控不通过；若肿瘤组织和对照样本质控位点相同，则表示二者来自于相同个体，质控通过；所述S4中低质量数据过滤的具体过程包括去除含有接头的序列，去除N含量大于5个的序列，去除碱基平均质量小于15的序列，选择过滤后的数据进行后续分析；所述S4中比对参考基因组的具体过程为使用比对软件BWA-MEM比对到参考基因组上，并筛选平均测序深度大于1000X，1000X覆盖率大于95%的序列，以此为质控标准进行后续分析；所述S4中变异检测的具体过程为使用变异检测软件mutect2、vardict和varScan，对肿瘤组织和对照样本的数据同时进行变异检测，得到原始体细胞变异检测结果；所述S4中变异过滤是对原始体细胞变异检测结果进行过滤，包括以下步骤：a、保留蛋白编码区CDS的突变；b、过滤肿瘤组织中突变频率5%的位点，过滤支持突变的序列8条的位点，过滤掉位点深度50X的位点，过滤掉肿瘤突变频率/对照突变频率5X的位点；c、过滤由于对比造成的假阳性突变；d、过滤黑名单中存在的位点；e、过滤COSMIC数据库中记录出现次数≥2的位点；f、过滤人群频率数据库中出现频率5%的位点；所述S4中变异注释的具体过程为使用软件ANNOVAR、SNPEFF和VEP，对突变位点进行注释，得到基因名称、转录本编号、位点信息、人群频率以及相关疾病信息。

2.根据权利要求1所述的一种分子标志物肿瘤缺失突变负荷的检测方法，其特征在于，所述S3中测序为下一代测序，即为二代测序NGS。

3.根据权利要求1所述的一种分子标志物肿瘤缺失突变负荷的检测方法，其特征在于，所述S4中TDB数值的计算公式为TDB=C/S，其中，所述S为计算达到高深度标准的外显子区域大小，所述C为该区域内缺失突变的数量。