[发明专利]基于特异性片段的灰略红链霉菌检测方法

权利要求书

1.一种基于特异性片段的灰略红链霉菌检测方法，其特征在于，通过从堆肥中提取细菌基因组DNA，经过细菌基因组PCR扩增和PCR产物的回收，经序列测定实现在堆肥过程中检测灰略红链霉菌；

所述的灰略红链霉菌，具体为灰略红链霉菌(Streptomyces griseorubens) JSD-1，现保藏于中国微生物菌种保藏管理委员会普通微生物中心(CGMCC)，保藏标号为CGMCCNo.5706，保藏日期为2012年1月9日；

所述的序列测定，基于灰略红链霉菌的特异性片段实现，其来自灰略红链霉菌(Streptomyces griseorubens) JSD-1的全基因组，该特异性片段具体如Seq ID No.1～No.13所示。

2.根据权利要求1所述的方法，其特征是，所述的特异性片段，通过对灰略红链霉菌进行全基因组测序获得相应全基因组序列，基于Linux平台通过BLAST软件，将该基因组完成图与NT库序列进行比对，参照比对结果，挑选出1774条(100bp) 相似度低于95%的序列，将这些序列再次与NT库进行二次比对，依此方法反复与NT库进行比对，查找到该菌特有的序列，获得该菌种的特有序列，即SEQ ID NO.1～NO.13作为所述特异性序列片段。

3.根据权利要求2所述的方法，其特征是，所述的全基因组测序是指：将冷冻保藏下的灰略红链霉菌放入LB培养基培养24h，提取灰略红链霉菌总DNA，通过采用全基因组鸟枪法策略，构建不同插入片段长度的文库，采用Illumina Miseq测序平台对这些文库进行测序、拼接、组装，获得细菌基因信息，并对其进行功能基因注释。