[发明专利]评估肿瘤微环境的基因集、评分模型及其应用

权利要求书

1.一种用于评估肿瘤微环境的多基因评分模型的构建方法，其特征在于，包括如下步骤：

(1)收集肿瘤患者的测序数据；

(2)通过CIBERSORT和MCP-counter算法对所述测序数据进行肿瘤微环境免疫细胞的成分评估；

(3)通过consensuclusterplus2进行肿瘤微环境免疫细胞的无监督聚类，得到不同的肿瘤微环境分型；

(4)通过两两差异分析和随机森林降维，最终确定可评估肿瘤微环境评分的基因集；

(5)收集了免疫治疗队列数据；

(6)评估步骤(4)中得到的基因集中每个基因在所述免疫治疗队列中预测免疫治疗反应的显著性差异得到相应的P值，P值除以相应队列的样本数量得到特征重要性，将所有队列中每个基因的特征重要性相加得到每个基因的特征重要性总和，通过Shapiro-Wilk检验得到重要性指数正太分布，取双侧95％区间外的基因为筛选得到的重要基因；

(7)基于步骤(6)得到的基因表达数据经Z-score转化，采用PCA分析方法构建用于评估肿瘤微环境的多基因评分模型，所述模型为TMEscore_plus＝TMEscoreA-TMEscoreB；TMEscoreA为免疫评分，TMEscoreB为间质评分。

2.如权利要求1所述的构建方法，其特征在于，还包括步骤(8)评估所述模型的效能。

3.包括权利要求1或2所述的构建方法构建得到的评估肿瘤微环境的多基因评分模型的装置。

4.如权利要求1所述的构建方法确定的基因集，其特征在于，所述基因集包括肿瘤微环境免疫相关基因和肿瘤微环境间质相关基因；所述肿瘤微环境免疫相关基因包括：CDT1、PSAT1、IDO1、BRIP1、WARS、DTL、GBP5、KIF18A、UBD、GZMB、CCL4、CCL5、RCC1、HELLS、GNLY、TAP1、CD8A、CXCL11、GBP4、ETV7、ZNF367、CXCL10、KLRC2、CXCL9和IFNG；所述肿瘤微环境间质相关基因包括：MIR100HG、PRICKLE2、PAPLN、PLEKHH2、TNS1、MCC、MAMDC2、C14orf132、SYNPO、PID1、MCEMP1、ZCCHC24、PROS1、JAM3、TGFB1I1、MXRA7、FILIP1、CRYAB和ANTXR2。

5.如权利要求4所述的基因集在制备用于评估肿瘤微环境的试剂盒中的用途。

6.用于评估肿瘤微环境的试剂盒，其特征在于，包括用于检测如权利要求4所述基因集中各基因表达水平的引物或探针。

7.如权利要求6所述的试剂盒，其特征在于，所述试剂盒用于以下技术检测基因集中各基因的表达水平，包括：实时荧光定量PCR、基因芯片、二代高通量测序、Panomics或NanoString。

8.如权利要求1或2所述的构建方法，其特征在于，所述肿瘤为胃癌。

9.如权利要求3所述的装置，其特征在于，所述肿瘤为胃癌。

10.如权利要求4所述的基因集，其特征在于，所述肿瘤为胃癌。

11.如权利要求5所述的用途，其特征在于，所述肿瘤为胃癌。

12.如权利要求6或7所述试剂盒，其特征在于，所述肿瘤为胃癌。