[发明专利]一种用于评估猪背膘厚的SNP标记及其检测方法

说明书

本发明公开了一种与猪背膘厚显著相关的SNP标记及其检测方法和应用、基于SNP标记开发分子标记的方法、用于检测SNP标记的引物对、低背膘厚种猪选育系统及其应用，所述SNP标记位于ENSSSCG00000004081基因上，其对应于国际猪参考基因组10.2版本参考序列1号染色体第139,495,55处的TC突变。本发明公开的SNP标记，丰富了SNP密度，能够准确、高效地选育出低背膘厚的优良猪品种，为猪背膘厚相关的育种提供了新的分子标记资源和应用。

技术领域

本发明属于分子生物学技术领域，具体涉及用于评估猪背膘厚的SNP标记及其检测方法和用途。

背景技术

畜牧业是我国国民经济的基础产业，也是农业经济的支柱产业。其中，生猪养殖业是畜牧业中的重中之重，关系到国计民生。生长育肥阶段是生猪养殖过程中的关键一环，该环节成功与否主要由猪生长性能的优劣决定。猪生长性状主要包括达100kg体重日龄、活体背膘厚和眼肌面积等。生长性状一般为中高等遗传力的数量性状，使用传统育种方式的遗传进展相对缓慢。

随着一些分子遗传标记的发现，遗传评估可以将这些标记的信息纳入到育种体系，进而缩短世代间隔，提高遗传进展，该过程即为分子标记辅助选择。分子标记的类型由最初的生化标记、微卫星标记发展为如今的单核苷酸多态性标记(single nucleotidepolymorphisms，SNPs)。高通量SNP检测技术的发展，为我们快速、准确地寻找数量性状基因座(Quantitative Trait Loci，QTL)提供了必要的信息，使基因组选择成为可能。QTL数据库(https://www.animalgenome.org/cgi-bin/QTLdb/index)是一个储存已发表的畜禽QTL信息的数据库，目前包含猪、牛、羊和鸡等主要的农业动物。在猪的QTL数据库中，目前已收录了来自281篇文献的6,347条QTL记录，包括了593个不同的性状类型。该数据库将这些性状分成了五大类，分别是外部性状、疾病、肉质、生长和繁殖性状。但是QTL数据库也存在一些问题，例如QTL区间较宽，SNP密度不高等不足。

随着国民生活品质的提高，人们对猪肉品质的要求愈来愈高，更加青睐对瘦肉的消费。其中，猪瘦肉率与背膘厚性状存在负相关，背膘厚性状易于活体度量，而瘦肉率不易度量，并且背膘厚性状具有较高的遗传力，因此其是用于瘦肉猪遗传改良的重要指标。猪基因组计划的完成，使得单核苷酸多态性分子标记以及商业化高密度芯片技术快速发展，截至目前，已经发现了很多控制猪背膘厚性状的基因，如MC4R、Ob、HSL等，部分基因标记也已经应用到猪育种实践。但是，由于背膘厚是由多基因共同控制的，目前仍缺少功能明确、效应显著且可直接用于育种的与猪背膘厚相关的SNP标记。

因此，迫切需要提供用于评估猪背膘厚的SNP标记，以丰富QTL数据库中的SNP密度，全面深入揭示猪生长性能的分子机制，从而提高猪育种进程和猪产业化利润。

发明内容

为了克服上述问题，本发明人进行了锐意研究，提出了与猪背膘厚显著相关的SNP标记及其检测方法和应用、基于SNP标记开发分子标记的方法、用于检测SNP标记的引物对、低背膘厚种猪选育系统及其应用，由此，提供了用于评估猪背膘厚的SNP标记，丰富了SNP密度，能够准确、高效地选育出低背膘厚的优良猪品种，为猪背膘厚相关的育种提供了新的分子标记资源和应用，从而完成了本发明。

具体来说，本发明的目的在于提供以下方面：

本发明提供一种与猪背膘厚相关的SNP标记，其中，所述SNP标记位于ENSSSCG00000004081基因上，

其对应于国际猪参考基因组10.2版本参考序列1号染色体第139,495,55处的TC突变。

其中，所述SNP标记位于核苷酸片段一的第151个核苷酸处，该处的碱基类型的差异导致猪背膘厚度不同，所述核苷酸片段一的序列如SEQ ID NO：1所示。

其中，所述与猪背膘厚相关的SNP标记位点的等位基因为T和C，包括CC和TC两种基因型；