[发明专利]一种大黄鱼基因组育种芯片及应用

说明书

一种大黄鱼基因组育种芯片及应用，涉及基因组学、生物信息学、分子生物学和基因组育种技术领域。提供一种大黄鱼全基因组育种芯片，命名为宁芯1号，是基于Thermofisher公司的Affymetrix基因芯片技术制造的。每张芯片可以同时检测96个样本，包含591,765个高质量的SNP位点，这些SNP位点具有SEQ ID NO.l至SEQ ID NO.591765所示的核苷酸序列。该芯片可在检测大黄鱼DNA样品中的应用，可以对大黄鱼育种材料的进行遗传背景分析，可以对黄鱼属近缘物种进行基因型鉴定，对大黄鱼经济性状进行关联分析；通量高、重复性好、数据分析简单、单个标记数据成本低，具有广阔的应用前景。

技术领域

本发明涉及基因组学、生物信息学、分子生物学和基因组育种技术领域，尤其是涉及一种大黄鱼基因组育种芯片及应用。

背景技术

近年来，DNA测序技术已取得了突破性进展，高通量DNA测序技术的发展，使基因组测序效率大大提高，测序时间和成本大大降低，为功能基因组研究带来了极大的便利。

在水产动物方面，研究人员于2016年第一次通过高通量测序技术对大黄鱼进行基因分型，通过对500尾群体繁育后代进行简化基因组测序，得到了6.98万个单核苷酸多态性标记(Single Nucleotide Polymorphims，SNPs)用于全基因组关联分析(Genome-wideAssociation Studies，GWAS)，并最终得到与二十碳五烯酸(Eicosapentaenoic Acid，EPA)和二十二碳六烯酸(Docosahexaenoic acid，DHA)含量显著相关的39个SNP标记(Xiao S J,Wang P P,Dong L S,Zhang Y G,Han Z F,Wang Q R,Wang Z Y.Whole-genome single-nucleotide polymorphism(SNP)marker discovery and association analysis withthe eicosapentaenoic acid(EPA)and docosahexaenoic acid(DHA)content inLarimichthys crocea[J].Peerj,2016,4.)。此后，高通量测序基础在大黄鱼重要经济性状的遗传基础研究领域开始发挥越来越重要的作用，研究人员通过高通量测序基础开展了大黄鱼多种重要经济性状的遗传定位和遗传基础研究，找到了与生长、抗病、抗逆等重要经济性状相关的位点。大黄鱼功能基因组的这些研究成果为大黄鱼分子育种提供了重要的基础数据。

分子标记技术(molecularmarkers)是分子育种中的重要基础。传统分子标记技术如限制性片段长度多态性(RestrictionFragmentLengthPolymorphism，RFLP)、扩增片段长度多态性(Amplified Fragment Length Polymorphism，AFLP)和简单序列重复(SimpleSequence Repeat，SSR)等技术曾在功能基因组研究中发挥着重要作用。但是，传统的分子标记技术存在许多局限性，如通量低、数量少、操作过程繁瑣，不能满足大规模商业化育种的需求。为了对目标基因进行精确控制，对遗传背景进行有效选择，对育种品种进行准确分析和鉴定，需要开发和利用高通量分子标记技术。单核苷酸多态性(Single NucleotidePolymorphism，SNP)指基因组单个核苷酸的变异，是由单个核苷酸对置换、颠换、插入或缺失所形成的变异形式。SNP标记作为新一代遗传标记，其数量众多、分布密集、易于检测，是用于开发高通量分子标记的理想基因分型目标。