[发明专利]一种大黄鱼基因组育种芯片及应用

权利要求书

1.一种用于大黄鱼育种的SNP分子标记组合，其特征在于由591,765个SNP位点组成，其核苷酸序列分别如SEQ ID NO.1～591,765所示。

2.一种大黄鱼全基因组育种芯片，其特征在于包含591,765个SNP位点，具有SEQ IDNO.1～591,765所示的核苷酸序列。

3.如权利要求2所述一种大黄鱼全基因组育种芯片的制备方法，其特征在于包括以下步骤：

1)从全部大黄鱼测序数据中筛选出高质量SNP位点；

2)从上述SNP位点中删去无法在其两侧设计高质量DNA探针的SNP位点；

3)将基因组分成1kb的区域，如果一个区域内SNP数量大于1，则挑选最接近两个三分位点的SNP，如果一个区域内SNP数量等于1则挑选最接近中点的SNP；

4)将每10个1kb的区域合并成一个10kb的区域，如果一个区域内SNP数量大于10个，则丢弃超过10个的部分SNP，如果区域内SNP数量小于10个，则将上一步中被丢弃的位点填补进位点小于6个的10bk区域，直至没有位点可以补充或者该区域内SNP位点数等于10个；

5)找到超过2000bp的SNP间隔，将最接近间隔中点的SNP补充，重复多次直到没有位点可以填补；

6)加入2790个通过全基因组关联分析找到的与大黄鱼生长、抗病、抗逆性状有关联的SNP位点和100个阳性对照位点，获得SNP的位点集合；

7)将上述SNP的位点集合交付Thermo Fisher Scientific公司进行芯片生产，最终获得所述大黄鱼基因组育种芯片。

4.如权利要求3所述一种大黄鱼全基因组育种芯片的制备方法，其特征在于在步骤1)中，所述筛选高质量SNP位点的具体条件为：1)按照该位点碱基组成比例由大到小排序，第二种碱基的频率大于5％；2)仅有两种碱基；3)该SNP位点位于非重复区域。

5.如权利要求3所述一种大黄鱼全基因组育种芯片的制备方法，其特征在于在步骤7)中，所制备的大黄鱼基因组育种芯片有591,765个SNP位点，其中包含2790个性状关联位点和100个阳性对照位点，称为标签SNP。

6.如权利要求2所述一种大黄鱼全基因组育种芯片在检测大黄鱼DNA样品中的应用。

7.如权利要求6所述应用，其特征在于包括以下步骤：

(1)大黄鱼基因组DNA提取：根据检测需要从大黄鱼肌肉、鳍条、血液等组织使用酚氯仿法或QiaqenDNA提取试剂盒抽提基因组DNA；

(2)DNA样品质量检测：用质量分数为1％的琼脂糖凝胶电泳检测；

用凝胶成像系统判断电泳结果，保证基因组DNA完整性好，且该基因组DNA片段长度大于10kb；用紫外分光光度计测量基因组DNA的浓度，将DNA浓度稀释到工作浓度10～50ng/μL；

(3)基因芯片检测：按照Affymetrix基因芯片检测标准流程操作，芯片扫描使用Thermofisher公司的Affymetrix GeneTitan平台；

(4)数据分析：GeneTitan扫描结果用AxiomTM Analysis Suite v4.0软件套件分析基因型，并用R、python语言编程及plink、vcftools等软件获得基因型比较结果。

8.如权利要求2所述一种大黄鱼全基因组育种芯片在大黄鱼育种材料的遗传背景分析中的应用。

9.如权利要求2所述一种大黄鱼全基因组育种芯片在黄鱼属近缘物种基因型鉴定中的应用。

10.如权利要求2所述一种大黄鱼全基因组育种芯片在大黄鱼性状关联分析中的应用。