[发明专利]一种检测粉红副尼丽鱼种群的引物组、试剂盒和方法在审
申请号: | 202010881844.7 | 申请日: | 2020-08-28 |
公开(公告)号: | CN111944910A | 公开(公告)日: | 2020-11-17 |
发明(设计)人: | 陈治;童玉和;刘艳;万武波 | 申请(专利权)人: | 海南热带海洋学院 |
主分类号: | C12Q1/6888 | 分类号: | C12Q1/6888;C12Q1/6851;C12N15/11 |
代理公司: | 北京高沃律师事务所 11569 | 代理人: | 薛红凡 |
地址: | 572022*** | 国省代码: | 海南;46 |
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摘要: | |||
搜索关键词: | 一种 检测 粉红 副尼丽 鱼种 引物 试剂盒 方法 | ||
1.一种检测粉红副尼丽鱼(Paraneetroplus synspilus)种群的引物组,其特征在于,包括上游引物、下游引物和荧光探针;所述上游引物的核苷酸序列如SEQ ID No.1所示,所述下游引物的核苷酸序列如SEQ ID No.2所示,所述荧光探针的核苷酸序列如SEQ ID No.3所示。
2.一种检测粉红副尼丽鱼种群的试剂盒,其特征在于,包括权利要求1所述的引物组、DNA提取试剂和qPCR扩增试剂。
3.一种检测粉红副尼丽鱼种群的方法,包括以下步骤:
1)从待检测环境中采集环境eDNA样本,
2)提取所述环境eDNA样本中的DNA获得DNA样本液;
3)以所述DNA样本液为模板,用权利要求1所述的引物组进行qPCR扩增,并测定Ct值,当所述Ct值小于或等于35时判定结果为阳性,即待检测环境中存在粉红副尼丽鱼种群,当Ct值大于35时判定结果为阴性,即环境中不存在粉红副尼丽鱼种群。
4.根据权利要求3所述的方法,其特征在于,环境eDNA样本为水样或底泥样本。
5.根据权利要求4所述的方法,其特征在于,当所述环境eDNA样本为水样时,对水样进行滤膜抽滤,将抽滤后的滤膜置于酒精中浸泡后,提取DNA。
6.根据权利要求4所述的方法,其特征在于,当所述环境eDNA样本为底泥样本时,将所述底泥样本与液氮混合研磨后,提取DNA。
7.根据权利要求3所述的方法,其特征在于,所述qPCR扩增的体系以20μL计,包括以下组分:PremixExTaq 10μL、10μM的上游引物0.5μL、10μM的下游引物0.5μL、10μM的荧光探针0.5μL、100g/μL的DNA样本液1μL和去离子水7.5μL。
8.根据权利要求7所述的方法,其特征在于,所述qPCR扩增的程序包括:95℃预变性10s;95℃变性10s,57℃退火10s,72℃延伸10s,共40个循环;72℃延伸3min,4℃保存。
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