[发明专利]基于宏基因组学的建库方法和检测试剂盒有效
申请号: | 202010863016.0 | 申请日: | 2020-08-25 |
公开(公告)号: | CN111926394B | 公开(公告)日: | 2021-05-18 |
发明(设计)人: | 许腾;谢淑媚;曾伟奇;陈海如;刘足;周晓思;李永军;王小锐;苏杭 | 申请(专利权)人: | 广州微远医疗器械有限公司;广州微远基因科技有限公司;广州微远医学检验实验室有限公司;深圳微远医疗科技有限公司;微远(深圳)医学研究中心有限公司 |
主分类号: | C40B50/06 | 分类号: | C40B50/06;C12Q1/6869 |
代理公司: | 广州新诺专利商标事务所有限公司 44100 | 代理人: | 李海恬 |
地址: | 510130 广东省广州市高新技术产业开发*** | 国省代码: | 广东;44 |
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摘要: | |||
搜索关键词: | 基于 宏基 方法 检测 试剂盒 | ||
1.一种基于宏基因组学的建库方法,其特征在于,包括以下步骤:
S1:提取待测样本中的基因组核酸;
S2:在酶切体系中,先检测S1步骤得到基因组核酸溶液浓度,再根据所得基因组核酸溶液浓度计算基因组核酸的投料体积,按照3±2ng基因组核酸:20±5mU内切酶的使用量,使内切酶进行酶切片段化,并以末端修复酶对DNA片段进行末端修复;所述内切酶为非限制性内切酶;
S3:在S2步骤得到的溶液中加入接头和连接酶,在缓冲液体系中进行接头连接;
S4:使用磁珠对连接后的产物进行纯化,去除未正确连接、接头短片段和残留的接头;
S5:对纯化的产物进行扩增;
S6:使用磁珠对扩增的产物进行纯化,去除小片段,使文库峰形单一且集中。
2.根据权利要求1所述的基于宏基因组学的建库方法,其特征在于,所述S2步骤中,末端修复酶为T4 DNA聚合酶或Klenow片段酶,按照3±2ng基因组核酸:1±0.2U末端修复酶的量加入末端修复酶;所述酶切片段化的条件为:37±0.5℃孵育25±2min;所述末端修复的条件为:65±0.5℃孵育30±2min;
所述S3步骤中,按照3±2ng基因组核酸:0.2±0.1ng接头的量加入接头,所述连接酶为T4 DNA连接酶,所述接头连接的反应条件为:20±0.5℃下保持15±1min。
3.根据权利要求1所述的基于宏基因组学的建库方法,其特征在于,所述S3步骤中,所述缓冲液体系中还包括体积百分浓度为30%-35%的PEG8000和质量百分浓度为0.0001±0.00002%的羟丙基甲基纤维素。
4.根据权利要求1-3任一项所述的基于宏基因组学的建库方法,其特征在于,还包括S7步骤,对文库所得产物进行单链环化和纳米球制备,具体方法为:
按每个文库需要产生的数据量计算每个文库的投入质量,混合预定文库;将混合后文库与短接头进行热变性,变性后置于冰上备用;将变性后的文库加入到单链环化反应体系环化反应;对环化的产物进行未环化文库的消化,使用RNA磁珠进行纯化;对纯化的产物进行引物杂交和滚环扩增,即可获得纳米球。
5.根据权利要求1所述的基于宏基因组学的建库方法,其特征在于,所述待测样本为脑脊液、血液、痰液、肺泡灌洗液、胸腹水或尿液。
6.权利要求1-5任一项所述的基于宏基因组学的建库方法得到的宏基因组文库。
7.一种非诊断用途的病原检测方法,其特征在于,包括权利要求1-5任一项所述的基于宏基因组学的建库方法,还包括以下步骤:
测序:对构建得到的文库进行测序;
生信分析:以生物信息学分析方法去除宿主序列,获得病原基因信息。
8.一种基于宏基因组学的检测试剂盒,其特征在于,包括:
酶切及末端修复试剂:包括内切酶和末端修复酶,所述内切酶的工作用量为20±5mU,所述末端修复酶的工作用量为1±0.2U;
接头及连接试剂:包括接头、连接酶和连接缓冲液,所述接头的工作用量为0.2±0.1ng,所述连接酶为T4 DNA连接酶;所述连接缓冲液包括:体积百分浓度为30%-35%的PEG8000和质量百分浓度为0.0001±0.00002%的羟丙基甲基纤维素;
扩增试剂:包括PCR扩增酶,扩增缓冲液以及扩增引物;
纯化试剂:包括PEG缓冲液磁珠。
9.根据权利要求8所述的检测试剂盒,其特征在于,所述纯化试剂包括0.6×PEG缓冲液磁珠和0.9×PEG缓冲液磁珠。
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