[发明专利]一种位于猪9号染色体上与阴囊疝发生相关的SNP分子标记及应用

说明书

本发明属于分子生物技术和分子标记技术领域，具体涉及一种位于猪9号染色体上与阴囊疝发生相关的SNP分子标记及应用。所述的位于猪9号染色体上与阴囊疝发生相关的SNP分子标记的SNP位点对应于国际猪基因组11.1版本参考序列9号染色体上第128013229位GA突变。本发明通过优选该SNP的优势等位基因，能够逐代增加优势等位基因频率，降低种猪阴囊疝发生率，减少育种损失的同时提高动物福利，加快猪遗传缺陷的抗病育种进展从而有效提高种猪育种的经济效益。

技术领域

本发明属于分子生物技术和分子标记技术领域，具体涉及一种位于猪9号染色体上与阴囊疝发生相关的SNP分子标记及应用。

背景技术

猪的遗传缺陷是一类由遗传因素引起的机体结构或功能上的缺陷，一般情况下，其受基因组上多基因控制，遗传机制复杂。在养猪生产中，较为常见的遗传缺陷包括阴囊疝/腹股沟疝、脐疝、锁肛和八字脚等。因其发生率较低，往往导致育种工作者重视程度不高，研究进展缓慢。作为较为突出的一种遗传缺陷，阴囊疝是由于腹股沟管周围的肌肉组织缺陷造成的，腹部内容物会掉入阴囊内，从而导致患病个体生长速度慢，饲料报酬低，增加养殖成本，且其只在公猪中表现。据统计，阴囊疝的发生率一般在0.3％～8.3％之间。在大规模种猪群体中，猪的遗传缺陷往往会导致部分具有其他优秀生产性能的种猪被淘汰从而给养猪生产带来巨大的经济损失，甚至扰乱既定的育种计划。因此，为了解析导致猪阴囊疝发生的遗传机制，在基因组上鉴别影响阴囊疝发生的数量性状基因座(Quantitativetrait loci，QTL)和致病基因显得极为重要。

在实际育种生产中，发生阴囊疝的公猪不会再留作种用，甚至会导致其家系的个体都被淘汰，这就会限制优秀基因在群体中的快速扩散。传统的育种选育是根据表现型来做出初步判断，但这种基于表型的选择并不能从根本上解决阴囊疝的发生，因此采用常规育种方法难以快速实现预期的育种目标。而利用分子生物学的方法，在基因组上找到影响猪阴囊疝发生的遗传因素则有望迅速降低阴囊疝的发生从而减少育种损失。以往的研究采用微卫星标记等方法在猪基因组上鉴别到了一些影响猪阴囊疝的QTL，但因其置信区间较大(大于20Mb)且其内包含几十个基因，导致无法精确锚定到致病基因。随着高通量测序技术的发展，通过检测猪全基因组上的单核苷酸多态(Single nucleotide polymorphisms,SNP)，结合全基因组关联分析(Genome-wide association study,GWAS)技术,可鉴别到影响猪阴囊疝的QTL和致病基因，进而进一步挖掘突变位点。因此，在猪的抗病育种进程中可以利用GWAS鉴别到的SNP进行分子标记辅助选择和基因组选择，这将对患猪阴囊疝病的个体筛选奠定分子基础，为进一步解析该病发生的遗传机制提供依据。本申请在长白猪种猪群体中采用GWAS的策略鉴定到一个SNP位点，结果表明该SNP位点与猪阴囊疝具有一定的关联性。

发明内容

为了克服现有技术的不足和缺点，本发明的首要目的在于提供一种位于猪9号染色体上与阴囊疝发生相关的SNP分子标记。

本发明的另一目的在于提供上述位于猪9号染色体上与阴囊疝发生相关的SNP分子标记的应用。

本发明的再一目的在于提供一种鉴定上述SNP分子标记的引物对。

本发明的第四个目的在于提供上述引物对的应用。

本发明的第五个目的在于提供一种猪的遗传改良方法。

本发明的目的通过下述技术方案实现：

一种位于猪9号染色体上与阴囊疝发生相关的SNP分子标记，其SNP位点对应于国际猪基因组11.1版本参考序列9号染色体上第128013229位GA突变；

所述的位于猪9号染色体上与阴囊疝发生相关的SNP分子标记的核苷酸序列如SEQID NO：1所示，其中序列中的M是G或A，导致猪阴囊疝发生比例的差异；