[发明专利]一种利用鸳鸯粪便分析鸳鸯食性的方法

权利要求书

1.一种利用鸳鸯粪便分析鸳鸯食性的方法，其特征在于：使用分子研究手段彻底解析野生鸳鸯的取食植物种类，具体包括以下步骤：

(1)采样：利用观察法，在野外采集鸳鸯的新鲜粪便；

(2)总DNA提取、PCR扩增：提取粪便中所有基因组DNA，采用DNA聚合酶对rRNA基因可变区或特定基因片段进行PCR扩增，扩增引物为叶绿体rbcL基因，其中，前引物为Z1aF：5'-ATGTCACCACCAACAGAGACTAAAGC-3'，后引物为hp2R：5'-CGTCCTTTGTAACGATCAAG-3'，对扩增产物进行回收、纯化、荧光定量，然后制备测序文库；

(4)进行生物信息的处理：识别并剔除测序文库中的疑问序列，利用FLASH软件对序列进行配对连接及去除嵌合体，以97％的非重复序列相似度作为阈值聚类OTU，将丰度值低于样本测序总量0.001％的OTU去除，得到处理后的序列及OTU；

(5)采用NCBI BLAST数据库对OTU进行分类及鉴定，未能归类到已知分类单元的OTU代表序列，划入“Unclassified”，采用NCBI数据库对所获序列进行比对，得出植物物种鉴定结果；

(6)随机抽取样本的序列数及OTUs绘制稀疏曲线，以检验测序深度是否合理、在测序深度合理的情况下，分析各样本在门、纲、目、科、属、种分类水平上的组成及其丰度，从而得到鸳鸯粪便中的植物种类及分析出取食偏好。

2.根据权利要求1所述的利用鸳鸯粪便分析鸳鸯食性的方法，其特征在于：待鸳鸯种群取食或上岸休息30～40分钟后，及时到达鸳鸯活动点，寻找到新鲜粪便，在8:00-9:00、13:00-14:00和18:00-19:00这三个鸳鸯活动频繁的时间段采样。

3.根据权利要求1所述的利用鸳鸯粪便分析鸳鸯食性的方法，其特征在于：步骤(2)中所使用的引物，为专门用于植物鉴定的叶绿体rbcL基因；后对扩增后总的DNA进行测序：DNA片段的2×300bp双端测序使用Illumina MiSeq平台，平均测序准确率≥99％，目标片段的最佳测序长度选在200bp-450bp。