[发明专利]一种山羊CCSER1基因CNV标记的检测生长性状的方法及其诊断试剂盒

说明书

本发明公开了一种山羊CCSER1基因CNV标记的检测生长性状的方法及其诊断试剂盒：基于实时荧光定量PCR技术，以山羊基因组DNA为模板，利用一对特异性引物扩增CCSER1基因的拷贝数变异区域部分片段，利用另外一对特异性引物扩增作为内参的MC1R基因部分片段，根据定量结果并利用2^‑ΔΔCt鉴定个体的拷贝数变异类型。根据对山羊CCSER1基因拷贝数变异与生长性状之间进行的关联分析，本发明提供的方法可以为选育山羊优势种群提供参考的分子标志物，有利于加快山羊分子标记辅助选择育种工作，该方法简单、快速，便于推广应用。

技术领域

本发明属于分子遗传育种领域，具体涉及一种利用山羊基因组DNA进行实时荧光定量PCR，并以MC1R基因为内参，根据2^-ΔΔCt判定个体的拷贝数变异类型的方法。

背景技术

分子育种主要的研究方向集中在标记辅助选择(molecular mark-assistselection,MAS)上，MAS是通过DNA分子标记对遗传资源或育种材料进行选择，从而对畜禽的综合性状进行品种改良。在畜禽育种中，通过对与生长性状密切相关的DNA标记的选择，达到早期选种和提高育种值准确性的目的，从而在畜禽育种中获得更大的遗传进展。

拷贝数变异(Copy Number Variations，CNVs)指大小从50bp到数Mb的DNA片段拷贝数突变。CNVs是由基因重排导致的，它是基因组变异的重要组成部分，可导致由基因剂量效应、基因断裂、基因融合和位置效应等引起的表型多态性。研究表明，基因组变异是研究表型性状差异最重要的基础资料，各种高通量检测技术为全面、准确的获取基因组遗传变异提供了强有力的手段。在家畜上，多个物种的全基因组拷贝数变异遗传图谱已经构建，并且通过生物信息学分析，预测出了很多与家畜肌肉生长、脂肪代谢、繁殖力和抗病性等数量性状相关的位点。因此，检测山羊基因的CNVs标记有助于加速山羊遗传选育的进展。

在检测已知CNV的各种方法中，实时荧光定量PCR(quantitive Real-Time PCR,qPCR)是使用比较广泛的一种技术。qPCR操作简单、敏感性高、速度快，通过对目的基因(有拷贝数变异)和内参基因(无拷贝数变异)进行相对定量，可以利用2^-ΔΔCt判定个体的拷贝数变异类型。

CCSER1(Coiled-Coil Serine Rich protein 1)，别名FAM190A，作为一种调节蛋白基因。国内外对CCSER1基因的研究较少，对CCSER1的功能及作用机制的认识都还处在初步阶段。作为正常有丝分裂的调节或结构成分，当CCSER1基因表达量发生变化时，会引起染色体的不稳定。目前为止，尚未见到山羊CCSER1基因拷贝数变异与山羊生长性状相关联的报道。

发明内容

本发明的目的在于提供一种山羊CCSER1基因CNV标记的检测生长性状的方法及其诊断试剂盒，可以加速山羊良种选育。

为达到上述目的，本发明采用了以下技术方案：

一种检测山羊CCSER1基因拷贝数变异的方法，包括以下步骤：以山羊个体基因组DNA为模板，以引物对P1及引物对P2为引物，分别通过实时荧光定量PCR扩增CCSER1基因的拷贝数变异区域的部分片段及作为内参的MC1R基因的部分片段，然后根据定量结果鉴定山羊个体CCSER1基因的拷贝数变异类型；

所述的引物对P1为：

上游引物F1：5’-TGACTTCCATATGGGCCAACT-3’

下游引物R1：5’-TCCTCAGTTGAAATAAACAAGCCCT-3’；

所述的引物对P2为：

上游引物F2：5’-GGGCAGTCCCTTGACAAAGA-3’

下游引物R2：5’-ATCTCCCCAGCCTCCTCATT-3’。