[发明专利]一种山羊CCSER1基因CNV标记的检测生长性状的方法及其诊断试剂盒有效
申请号: | 202010659221.5 | 申请日: | 2020-07-09 |
公开(公告)号: | CN111733218B | 公开(公告)日: | 2023-07-18 |
发明(设计)人: | 徐泽君;黄永震;王献伟;徐子洁;张子敬;茹宝瑞;刘贤;李志明;吕世杰;文逸凡;贺花;胡沈荣;王二耀;陈宏 | 申请(专利权)人: | 河南省畜牧总站 |
主分类号: | C12Q1/6858 | 分类号: | C12Q1/6858;C12Q1/6888 |
代理公司: | 西安通大专利代理有限责任公司 61200 | 代理人: | 范巍 |
地址: | 450008*** | 国省代码: | 河南;41 |
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摘要: | |||
搜索关键词: | 一种 山羊 ccser1 基因 cnv 标记 检测 生长 性状 方法 及其 诊断 试剂盒 | ||
1.一种检测山羊CCSER1基因拷贝数变异的方法,其特征在于:包括以下步骤:
以山羊基因组DNA为模板,以引物对P1及引物对P2为引物,分别通过实时荧光定量PCR扩增CCSER1基因的拷贝数变异区域及作为内参的MC1R基因的部分片段,然后根据定量结果鉴定山羊CCSER1基因的拷贝数变异类型;
所述的引物对P1为:
上游引物F1:5’-TGACTTCCATATGGGCCAACT-3’
下游引物R1:5’-TCCTCAGTTGAAATAAACAAGCCCT-3’;
所述的引物对P2为:
上游引物F2:5’-GGGCAGTCCCTTGACAAAGA-3’
下游引物R2:5’-ATCTCCCCAGCCTCCTCATT-3’;
所述的拷贝数变异区域位于山羊CCSER1基因候选区域Chr6:34300401-34303200,参考序列为NC_030813.1;
所述的拷贝数变异类型是根据Log2 2-ΔΔCt将定量结果分为的三类:增加型,Log2 2-ΔΔCt0.5;缺失型,Log2 2-ΔΔCt-0.5;正常型,Log2 2-ΔΔCt≤|±0.5|。
2.根据权利要求1所述一种检测山羊CCSER1基因拷贝数变异的方法,其特征在于:所述的实时荧光定量PCR的扩增体系包括:10~50ng/μL模板DNA 1μL,以及10μmol/L的引物对P1或引物对P2所对应的上、下游引物各0.5μL。
3.根据权利要求1所述一种检测山羊CCSER1基因拷贝数变异的方法,其特征在于:所述的实时荧光定量PCR的扩增反应程序为:95℃预变性10min;95℃变性15s,60℃退火1min,共39个循环。
4.根据权利要求1所述一种检测山羊CCSER1基因拷贝数变异的方法,其特征在于:基于引物对P1扩增的PCR产物片段大小为115bp,基于引物对P2扩增的PCR产物片段大小为129bp。
5.如权利要求1-4中任意一项权利要求所述的方法在山羊分子标记辅助选择育种中的应用,其特征在于:所述CCSER1基因的拷贝数变异区域与贵州白山羊体重、胸围有显著的关联性。
6.根据权利要求5所述的应用,其特征在于:具有正常型拷贝数变异类型的山羊个体在生长性状上较优。
7.一种检测山羊CCSER1基因拷贝数变异的试剂盒,其特征在于:该试剂盒包括用于扩增CCSER1基因的拷贝数变异区域及作为内参的MC1R基因的部分片段的实时荧光定量PCR引物,所述引物具体包括引物对P1及引物对P2:
所述的引物对P1为:
上游引物F1:5’-TGACTTCCATATGGGCCAACT-3’
下游引物R1:5’-TCCTCAGTTGAAATAAACAAGCCCT-3’;
所述的引物对P2为:
上游引物F2:5’-GGGCAGTCCCTTGACAAAGA-3’
下游引物R2:5’-ATCTCCCCAGCCTCCTCATT-3’。
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