[发明专利]猪剩余采食量社会性遗传单倍型位点的定位方法

说明书

本发明公开了本发明提供了一种猪剩余采食量社会性遗传单倍型位点的定位方法，利用芯片数据、全基因组重测序数据、基因型填充、全基因组单倍型的构建和基于单倍型的GWAS手段对猪剩余采食量社会性遗传效应的关键单倍型进行鉴定，具有鉴定准确、可靠性高的优点。

技术领域

本发明涉及SNP位点领域，特别是涉及一种猪剩余采食量社会性遗传单倍型位点的定位方法。

背景技术

剩余采食量是一个非常重要的经济性状，一直受到育种科学家和种猪改良公司的特别关注。剩余采食量性状一方面依赖于自身基因组的表达结果(直接性遗传效应)，另一方面依赖于同群个体基因组的表达结果(社会性遗传效应)。早期的育种工作主要集中在猪剩余采食量直接性遗传效应的研究，而忽略了社会性遗传效应对猪剩余采食量的贡献。随着猪基因组工作的不断推进和分子遗传标记的广泛研发，基因组选择已经成为猪重要经济性状选择的有效手段。

社会性遗传效应在畜禽中是一种普遍的现象，不管是野生、家养或是实验群体，只要个体间存在交互，社会性遗传效应就可能存在。在猪实际育种中，个体间的竞争经常出现，个体间的竞争会直接影响猪的饲料报酬、生长性能及胴体质量等。对社会性遗传效应进行优化选择能在一定程度上避免个体间竞争，促进合作，从而提高重要经济性状的遗传改良速度。针对具有社会性遗传效应的猪的剩余采食量性状，在选育过程中对剩余采食量社会性遗传效应进行选择，会在很大程度上提高猪剩余采食量的遗传改良速度。

随着高通量测序技术的快速发展，解析畜禽重要经济性状的分子遗传基础已成为可能。利用全基因组关联分析(genome-wide association study,GWAS)研究DNA和表型的因果关系，能快速鉴定影响重要经济性状的重要SNP位点，进而揭示其分子遗传机制。但是，几乎所有的研究都只集中在性状的直接性遗传效应，很少关于性状社会性遗传效应的研究。一些育种专家利用基因组信息正在猪群内积极探索猪剩余采食量社会性遗传效应选择的因果位点。但是，到目前为止，猪剩余采食量社会性遗传效应的遗传机制尚不清楚。基于单倍型的GWAS充分考虑了SNP位点之间的连锁不平衡信息，能够提供更大的关联检测效力，使挖掘到的目标性状显著相关的关联结果更可靠。因此，利用芯片数据、全基因组重测序数据、基因型填充、全基因组单倍型的构建和基于单倍型的GWAS(haplotype-based GWAS，HGWAS)手段对猪剩余采食量社会性遗传效应的关键单倍型进行鉴定，对猪剩余采食量的基因组选择育种提供重要的理论依据。

发明内容

针对上述问题，本发明提供了一种猪剩余采食量社会性遗传单倍型位点的定位方法，利用芯片数据、全基因组重测序数据、基因型填充、全基因组单倍型的构建和基于单倍型的GWAS手段对猪剩余采食量社会性遗传效应的关键单倍型进行鉴定，具有鉴定准确、可靠性高的优点。

本发明的技术方案是：

一种猪剩余采食量社会性遗传单倍型位点的定位方法，包括以下步骤：

S1、选择实验猪；

S2、计算实验猪的剩余采食量；

S3、采集实验猪的耳组织样品，提取基因组DNA；

S4、对提取的基因组DNA进行质量和浓度检测，选择质量合格的基因组DNA进行50KSNP基因型分型测序，剔除质量不合格品；

S5、对步骤S4中得到的质量合格的基因组DNA进行全基因组重测序，得到高质量的全基因组重测序数据；

S6、以步骤S5中得到的全基因组重测序数据作为参考数据，对所有实验猪的50K芯片数据的缺失基因型进行基因型填充，获得所有实验猪的全基因组数据，筛选得到高质量的SNPs位点，作为猪剩余采食量社会性遗传效应数据；