[发明专利]猪剩余采食量社会性遗传单倍型位点的定位方法

权利要求书

1.一种猪剩余采食量社会性遗传单倍型位点的定位方法，其特征在于，包括以下步骤：

S1、选择实验猪；

S2、计算实验猪的剩余采食量；

S3、采集实验猪的耳组织样品，提取基因组DNA；

S4、对提取的基因组DNA进行质量和浓度检测，选择质量合格的基因组DNA进行50K SNP基因型分型测序，剔除质量不合格品；

S5、对步骤S4中得到的质量合格的基因组DNA进行全基因组重测序，得到高质量的全基因组重测序数据；

S6、以步骤S5中得到的全基因组重测序数据作为参考数据，对所有实验猪的50K芯片数据的缺失基因型进行基因型填充，获得所有实验猪的全基因组数据，筛选得到高质量的SNPs位点，作为猪剩余采食量社会性遗传效应数据；

S7、基于基因型填充后获得的所有实验猪的全基因组序列信息，采用PLINK进行全基因组内单倍型检测，得到符合条件的单倍型块，采用GHap软件将单倍型块转换成多等位基因标记，筛选质量合格的单倍型等位基因作为全基因组单倍型数据；

S8、采用GEMMA软件对填充后的全基因组单倍型数据和剩余采食量社会性遗传效应的逆回归值数据进行HGWAS分析，其分析模型为：y＝Xm+Wa+e，其中，y表示社会性遗传效应的逆回归值向量；m表示标记效应值；a表示剩余多基因效应向量；e表示残差效应向量；X和W分别表示m和a的关联矩阵；

S9、采用Bonferroni校正法控制多重检验对HGWAS结果进行校正，将显著性阈值确定为3.64×10^-6，由HGWAS的显示结果得到与剩余采食量社会性遗传效应显著相关的关键单倍型位点。

2.根据权利要求1所述的一种猪剩余采食量社会性遗传单倍型位点的定位方法，其特征在于，步骤S1中选择实验猪的标准如下：

去掉测定起始日期与个体出生日期不相符的个体；

去掉测定天数小于60天的个体；

将单日采食量小于0.5kg或者大于4.5kg的记录设定为缺失值；

将单日采食次数小于2次或者大于20次的记录设定为缺失值；

将单日采食时间小于5min或大于2h的记录数据设定为缺失值。

3.根据权利要求1所述的一种猪剩余采食量社会性遗传单倍型位点的定位方法，其特征在于，步骤S2中，计算实验猪的剩余采食量，采用公式如下：RFI＝ADFI-14.1ADG-2.83BFT-110.9AMW,其中，RFI为剩余采食量；ADFI为平均日采食量；ADG为平均日增重；BFT为背膘厚；AMW为平均代谢体重。

4.根据权利要求3所述的一种猪剩余采食量社会性遗传单倍型位点的定位方法，其特征在于，步骤S2中，计算得到剩余采食量数据后，采用社会性遗传效应模型评估所有实验猪剩余采食量社会性遗传效应值，基于社会性遗传效应的估计准确性，获得每个个体的社会性遗传效应的逆回归值用于后续的HGWAS分析，其中，评估模型为：y＝Xb+Z_Da_D+Z_Sa_S+Wl+Vg+e，其中，y表示表型值；b表示固定效应，包括性别、测定年、月、出生年、月；a_D和a_S是直接性遗传效应和社会性遗传效应向量；l表示随机窝效应向量；g表示随机组效应向量；e随机残差向量；X、Z_D、Z_S、W和V分别表示b、a_D、a_S、l和g的关联矩阵。