[发明专利]鉴定疾病相关miRNA及推断其富集信号通路的方法

权利要求书

1.鉴定疾病相关miRNA的方法，其特征在于，包括以下步骤：

步骤1、采用PRISMA流程收集某种特定疾病相关miRNA的数据集A；

步骤2、将所述步骤1得到的数据集A通过卡方检验筛选得到新的数据集A1；

所述步骤1的具体步骤如下：从Medline、PubMed、Embase三个数据库获得疾病相关miRNA全部的文献，移除重复的文献后，审阅文章的标题和摘要排除不合适的文献，再审阅文献全文排除不合适的文献即得到所需的miRNA数据集A；

所述不合适的文献包括与人类或小鼠无关、与特定的疾病无关、案例报告和非原始的研究文献的文献；

所述步骤2的具体步骤为：将步骤1得到的数据集A设计卡方检验公式(1)获得miRNA和疾病之间关联程度的统计量：

式中，C₁₁是摘要v_g和摘要v_d同时出现的数量；C₁₂是摘要v_g出现和摘要v_d不出现的数量；C₂₁是摘要v_g不出现和摘要v_d出现的数量；C₂₂是摘要v_g和摘要v_d都不出现的数量；g表示miRNA，d表示疾病；χ2表示卡方检验统计量；

对于数据集A中每个miRNA得到的卡方统计量通过查询卡方分布临界值表，保留p-value小于0.05的miRNA成为新的数据集A1。

2.推断疾病相关miRNA的富集信号通路的方法，其特征在于，采用权利要求1的方法，具体按照以下步骤进行：

步骤1、采用PRISMA流程收集某种特定疾病相关编码蛋白基因的数据集B：

所述步骤1的具体步骤如下：从Medline、PubMed、Embase三个数据库获得全部的文献，移除重复的文献，审阅文章的标题、摘要和正文排除不合适的文献，再审阅文献全文排出不合适的文献即得到所需基因数据集B；

所述不合适的文献包括物种不匹配、疾病不匹配、不是遗传学研究、案例报告和非原始的研究的文献；

步骤2、将步骤1得到的数据集B通过卡方检验筛选得到新的数据集B1：

具体步骤为：将步骤1得到的数据集B设计卡方检验公式(2)获得编码蛋白基因和疾病之间关联程度的统计量，从而获得新的数据集B1：

式中，C₁₁是摘要v_g和摘要v_d同时出现的数量；C₁₂是摘要v_g出现和摘要v_d不出现的数量；C₂₁是摘要v_g不出现和摘要v_d出现的数量；C₂₂是摘要v_g和摘要v_d都不出现的数量；g表示基因，d表示疾病；χ2表示卡方检验统计量；

对于数据集B中每个编码蛋白基因得到的卡方统计量通过查询卡方分布临界值表，保留p-value小于0.05的编码蛋白基因成为新的数据集B1；

步骤3、通过靶预测数据库获得权利要求1中数据集A1中miRNA-gen e的调控关系：

具体步骤为：将数据集A1中疾病相关miRNA在靶预测数据库中查询，若在数据库中查询到某一miRNA靶定的基因为同一个，即可以确定miRNA与靶定基因具有调控关系，将所有存在调控关系的miRNA及其靶基因收集在集合I中，否则，将此miRNA数据舍弃；

步骤4、通过步骤3推断miRNA富集的通路：

具体操作为：对步骤2数据集B1中全部的疾病相关的编码基因做KEGG通路富集分析，通路富集的疾病相关基因作为子集，卡方检验得到数据集作为全集，将全集的疾病相关基因依次在步骤3中集合I中查询得到靶定的miRNA集合，将子集疾病相关基因依次在步骤3集合I中查询得到靶定的miRNA集合，采用Fisher精确检验判断上述得到的总的miRNA集合是否与某些通路显著关联。