[发明专利]华西牛基因组选择方法

权利要求书

1.华西牛基因组选择方法，其特征在于，具体步骤如下：

步骤一，构建参考群体并且测定经济性状；

步骤二，对参考群体的每头牛采血保存，提取DNA并且进行基因分型，对基因分型后的数据进行处理和质量控制；

步骤三，对处理后的基因分型数据进行基因型数据填充，得到测序数据，然后进行QTL位点的筛选，所述QTL位点包括与断奶重、育肥期日增重、胴体重、屠宰率和产犊难易度相关的显著SNPs；

步骤四，将筛选出的QTL位点与测序数据整合，得到标准数据，计算各个性状的全部SNP标记的效应值；

步骤五，对候选群体进行采血和提取DNA，进行基因分型，质量控制后填充至标准数据，利用参考群体估计的全部SNP标记的效应值和QTL位点效应值，将候选群体的基因型向量与位点效应值向量相乘，即可得到候选群体的基因组估计育种值，依据每个性状的基因组估计育种值计算个体的综合选择指数，所述个体的综合选择指数GCBI公式如下：

其中Gebv_CE为产犊难易度基因组估计育种值，Gebv_WWT为断奶重基因组估计育种值，Gebv_{DG_F}为育肥期日增重基因组估计育种值，Gebv_CW为胴体重基因组估计育种值，Gebv_DP为屠宰率基因组估计育种值。

2.根据权利要求1所述的华西牛基因组选择方法，其特征在于，所述步骤二中的质量控制为剔除不合格的个体和SNP，基因分型采用Illumina BovineHD(770K)高密度芯片进行基因分型。

3.根据权利要求1或2所述的华西牛基因组选择方法，其特征在于，所述步骤一中经济性状包括生长发育、育肥、屠宰、胴体、肉质、繁殖六类指标。

4.根据权利要求1所述的华西牛基因组选择方法，其特征在于，所述步骤四中采用优化贝叶斯算法计算各个性状的全部SNP标记的效应值。

5.根据权利要求4所述的华西牛基因组选择方法，其特征在于，所述优化贝叶斯算法中假设有效应的SNPs概率为(1-π)，没有效应的SNPs概率为π，效应方差服从逆卡方分布，其模型如下：

其中，y是表型观察值向量，b是固定效应向量；W为筛选的性状QTL的基因型关联矩阵，V为筛选的性状QTL的位点效应值，为固定效应向量；g_i是770K高密度芯片第i个标记的效应值，方差为n是总的标记数；e是随机残差向量，方差为是残差方差。