[发明专利]华西牛基因组选择方法

说明书

本发明公开了华西牛基因组选择方法，要解决的是现有肉牛育种群制种供种能力不足的问题。本发明的具体步骤如下：步骤一，构建参考群体并且测定经济性状；步骤二，对参考群体进行基因分型并且对数据进行处理和质量控制；步骤三，进行基因型数据填充，得到测序数据，然后进行QTL位点的筛选；步骤四，计算参考群体中各个性状的全部SNP标记的效应值；步骤五，得到候选群体基因组育种值，依据每个性状的基因组估计育种值计算个体的综合选择指数。本发明的目的是建立基于基因组选择技术的高效优质华西牛选育方法，全面提高我国肉牛种群选择效率，大幅节约育种成本，为优质华西牛的培育提供分子育种方法，推动肉牛种业的快速发展。

技术领域

本发明涉及肉牛育种领域，具体是华西牛基因组选择方法。

背景技术

品种及种源问题是限制我国肉牛产业发展的首要因素。我国肉牛业现有肉牛育种群制种供种能力不足，种公牛主要依赖国外进口。整体肉牛存栏中，华西牛杂交牛为2788万头，占肉牛存栏的65％。国内现有涉及肉用公牛饲养的种公牛站38家，存栏采精公牛1900头，其中华西牛1100头，育种群每年仅能提供100头左右的合格公牛，更新的公牛年需进口250头左右，进口率高达70％。因此人们也在进行相关方面的研究。

发明内容

本发明实施例的目的在于提供华西牛基因组选择方法，以解决上述背景技术中提出的问题。

为实现上述目的，本发明实施例提供如下技术方案：

华西牛基因组选择方法，具体步骤如下：

步骤一，构建参考群体并且测定87个经济性状；

步骤二，对参考群体的每头牛采血保存，提取DNA并且利用生物芯片进行基因分型，对基因分型后的数据进行处理和质量控制；

步骤三，对处理后的基因分型数据进行基因型数据填充，得到测序数据，然后进行QTL(quantitative trait locus，数量性状基因座)位点的筛选；

步骤四，将筛选出的QTL位点与测序数据整合，得到标准数据，计算各个性状的全部SNP标记的效应值；

步骤五，对候选群体进行采血和提取DNA，利用高密度770K芯片进行基因分型，质量控制后填充至标准数据中，利用参考群体估计的全部SNP标记的效应值和QTL位点效应值，将候选群体的基因型向量与位点效应值向量相乘，即可得到候选群体的基因组估计育种值(GEBV)，依据每个性状的基因组估计育种值计算个体的综合选择指数(GCBI)。

作为本发明实施例进一步的方案：步骤二中的质量控制为剔除不合格的个体和SNP，生物芯片为Illumina BovineHD高密度芯片。

作为本发明实施例进一步的方案：步骤一中经济性状包括生长发育、育肥、屠宰、胴体、肉质、繁殖六类指标，共87个性状。

作为本发明实施例进一步的方案：步骤三中QTL位点包括与断奶重、育肥期日增重、胴体重、屠宰率和产犊难易度显著相关的SNPs。。

作为本发明实施例进一步的方案：步骤四中采用优化贝叶斯算法(BayesBT)计算各个性状的全部SNP标记的效应值。

作为本发明实施例进一步的方案：优化贝叶斯算法中假设有效应的SNPs概率为(1-π)，没有效应的SNPs概率为π，效应方差服从逆卡方分布，其模型如下：

其中，y是表型观察值向量，b是固定效应向量；W为筛选的性状QTL的基因型关联矩阵，V为筛选的性状QTL的位点效应值，为固定效应向量；g_i是770K高密度芯片第i个标记的效应值，方差为n是总的标记数；e是随机残差向量，方差为是残差方差。