[发明专利]CDH17基因中与鸡蛋蛋壳品质性状相关的单倍型标记与应用

说明书

本发明提供了CDH17基因中与鸡蛋蛋壳品质性状相关的单倍型标记及其应用，所述的单倍型标记位于鸡CDH17基因的部分DNA序列中，所述单倍型标记的核苷酸序列如序列表SEQ ID NO.1所示，所述单倍型标记包括：在SEQ ID NO.1所示序列中第198bp处存在T/C多态性位点；第218bp处存在G/A多态性位点；第239bp处存在A/G多态性位点；第261bp处存在C/A多态性位点；本发明还提供了SNP检测试剂盒，包括：如SEQ ID NO.2～3所示的引物对。本发明首次发掘了鸡CDH17基因中与蛋壳品质性状相关的单倍型标记，为蛋壳品质性状的标记辅助育种提供了一个新的分子育种标记。

技术领域

本发明涉及单倍型标记筛选技术领域，尤其涉及CDH17基因中与鸡蛋蛋壳品质性状相关的单倍型标记与应用。

背景技术

鸡蛋富含蛋白质、脂肪、卵磷脂等人体所需的多种营养物质，是我国居民饮食结构中的重要组成部分。但是鸡蛋在收购、储运和加工过程中约有6％-10％因为破损而直接损失掉，造成了严重的经济损失。研究表明，鸡蛋损失的主要原因是蛋壳薄，蛋壳破损或裂纹所引起的。蛋壳厚度、蛋壳强度、蛋壳百分比以及蛋比重是蛋壳质量的重要检测指标，也是影响鸡蛋储运的重要因素。蛋壳厚度、蛋壳百分比、蛋比重与蛋壳强度的相关性系数分别为0.79、0.76、0.62，这表明，蛋壳厚度、蛋壳百分比、蛋比重比的值越大，蛋壳强度就越大。随着我国居民生活水平的持续提高，对鸡蛋的需求量也上升，预计到2035年，我国人均消费鸡蛋的数量将达到363个/年，基本是每人每天消费一枚鸡蛋。因此，如何提高蛋壳质量，提高蛋壳厚度和强度，减少在储运过程中的损失显得尤为重要。

单核苷酸多态性(Single Nucleotide Polymorphsim，SNP)是指基因组DNA序列中由于单个核苷酸(A、T、C或G)的突变而引起的多态性，包括单碱基的插入、缺失、转化和颠换等。全基因组关联分析(Gemome-Wide Association Study，GWAS)是应用基因组中数以百万计的SNP为分子遗传标记，进行全基因组水平的对照分析和相关分析。大量SNP标记的出现，使得以单个标记为中心的关联分析方法逐渐转变为以单倍型(haplotype)为主的关联分析方法。单倍型是指在同一染色体上或一定区域内若干个决定同一性状的且紧密相连锁的SNPs，具有统计学关联性。SNP标记及其组成的单倍型由于分布的广泛性和稳定性，在动物分子标记辅助选择(Marker Assisted Selection，MAS)育种上发挥着重要作用，成为加快蛋鸡蛋壳品质性状尤其是那些限性性状遗传改良的可行性技术。基于此，进一步鉴定与蛋鸡经济性状相关的SNP标记及其单倍型组合，进而借助SNP标记及其单倍型组合序列作为筛选标记用于优良蛋鸡经济性状的辅助选择上，将大大提高选种的准确性，对于培育具有优良经济性状的蛋鸡品种具有一定的意义。

钙粘连蛋白17(cadherin 17，CDH17)是钙粘连蛋白家族中的一员，是肠上皮基底膜粘附系统钙离子调节的开关，通过介导钙依赖性细胞间连接而发挥生物学作用。已有研究表明CDH17在胃癌、肝癌、结肠癌、胰腺癌等的发生、发展机制中发挥重要作用。然而，CDH17基因在蛋鸡上的研究却未见报道，迄今为止，尚无有关蛋鸡CDH17基因作为鸡蛋蛋壳品质性状的分子标记的研究。

发明内容

本发明的目的在于克服现有技术之缺陷，提供了CDH17基因中与鸡蛋蛋壳品质性状相关的单倍型标记及其应用，本发明发掘了CDH17基因中与鸡蛋蛋壳品质性状相关的单倍型标记，为蛋壳品质性状的单倍型标记辅助育种提供了一种新的单倍型标记。

本发明的目的之一在于提供一种CDH17基因中与鸡蛋蛋壳品质性状相关的单倍型标记，所述的单倍型标记位于位于蛋鸡CDH17基因部分编码区序列中，所述的单倍型标记的核苷酸序列如SEQ ID NO：1所示，该序列长度为1254bp，所述单倍型标记包括：

SNP1位点：在SEQ ID NO.1所示序列中第198bp处存在T/C多态性位；