[发明专利]一种棉花叶蜜腺相关的分子标记InDel-GaNEC1、引物对及其应用

说明书

本发明公开了一种棉花叶蜜腺相关的分子标记InDel‑GaNEC1、引物对及其应用，该分子标记的核苷酸序列如SEQ ID NO.7所示。通过检测棉花种子或者幼苗植株是否具有上述分子标记，能够有效地在早期确定其是否具有叶蜜腺，为选育无蜜腺抗虫棉花提供有力的手段。具体地，具有InDel‑GaNEC1所示核苷酸序列且在分子标记位点纯合的个体，表现为棉花具有正常的叶蜜腺；缺失InDel‑GaNEC1所示核苷酸序列且在分子标记位点纯合的个体，表现为棉花的叶蜜腺的缺失；具有InDel‑GaNEC1所示核苷酸序列且在分子标记位点杂合的个体，表现为棉花具有正常的叶蜜腺。由此，本发明的分子标记与棉花叶蜜腺性状紧密相关，能够有效用于棉花的分子标记辅助育种。

技术领域

本发明涉及一种棉花叶蜜腺相关的分子标记INDEL-GaNEC1、引物对及其应用，属于基因工程领域。

背景技术

DNA分子标记与其他标记相比较，具有明显的优越性：①直接以DNA的形式表现，在植物体的各个组织、各发育时期均可检测到，不受季节、环境限制、不存在是否表达的问题；②数量多、遍及整个基因组，检测位点近于无限；③多态性高、自然存在着许多等位变异，不需要专门创造特殊的遗传材料；④表现为“中性”，即不影响目标性状的表达，与不良性状况无必然的连锁；⑤有许多分子标记表现为共显性，能够鉴别出纯合基因型与杂合基因型，提供完整的遗传信息。

InDel标记，指的是两种亲本中在全基因组中的差异，相对另一个亲本而言，其中一个亲本的基因组中有一定数量的核苷酸插入或缺失，根据基因组中插入缺失位点，设计一些扩增这些插入缺失位点的PCR引物。

InDel在基因组中分布广泛、密度大、数目众多。InDel多态性分子标记是基于插入/缺失位点两侧的序列设计特异引物进行PCR扩增的标记，其本质仍属于长度多态性标记，可利用便捷的电泳平台进行分型。InDel标记准确性高、稳定性好，避免了由于特异性和复杂性导致的后续分析模糊。此外，InDel标记能扩增混合DNA样品和高度降解的微量DNA样品，并进行有效分型。InDel标记目前已开始应用于动植物群体遗传分析、分子辅助育种以及人类法医遗传学、医学诊断等领域。随着位于功能基因上InDel标记的开发，结合染色体步移和基因精细定位，可将这些标记应用于相关物种经济性状的功能基因的筛选，有利于优良基因的进一步开发和利用。

棉叶背面叶脉上有凹窝，即蜜腺，窝内有许多棒状突起，分泌蜜汁。观察发现，亚洲棉有蜜腺材料的叶片背面中脉上，离叶基约1cm处有一蜂窝状凹陷，即为蜜腺所在，窝内有许多乳头状突起，可分泌蜜汁，最多时在5条叶脉上可生5个蜜腺。有蜜腺材料叶蜜腺颜色在形成初期呈淡绿色，成熟期呈白色，随着叶片的长大和成熟，蜜腺逐渐变为黑色；无蜜腺材料在叶背面叶脉上缺少蜂窝状的凹陷蜜腺，因而叶片的主脉光滑，无蜜腺材料的叶片除了缺少叶蜜腺外，叶片的其他结构与有蜜腺材料基本一致。棉花由于蜜腺多，蜜期长，蜜物多，易发生虫害。因此挖掘与棉花叶蜜腺性状相关的分子标记具有重要意义。

发明内容

针对现有技术的不足，本发明的目的是提供一种棉花叶蜜腺相关的分子标记INDEL-GaNEC1、引物对及其应用。

为了实现上述目的，本发明的技术方案是：

一种棉花叶蜜腺性状相关的分子标记InDel-GaNEC1，其核苷酸序列如SEQ IDNO.7所示。

一种上述分子标记InDel-GaNEC1在棉花分子标记辅助育种中的应用。

一种上述分子标记InDel-GaNEC1在选育棉花有无叶蜜腺品种中的应用。

一种检测上述分子标记InDel-GaNEC1的引物对，由正向引物InDel-GaNEC1-F和反向引物InDel-GaNEC1-R组成。

正向引物InDel-GaNEC1-F的核苷酸序列如SEQ ID NO.8所示，反向引物InDel-GaNEC1-R的核苷酸序列如SEQ ID NO.9所示。