[发明专利]一种检测食管鳞癌癌组织与癌旁组织差异菌群的引物组、试剂盒和检测方法

说明书

本发明提供了一种检测食管鳞癌癌组织与癌旁组织差异菌群的引物组、试剂盒和检测方法，属于微生物分子生物学检测技术领域；所述引物组包括上游引物341F和下游引物806R。本发明以食管鳞癌癌组织与癌旁组织的基因组DNA为模板，利用所述引物组检测两种组织中的菌群，并通过统计分析，能够检测食管鳞癌癌组织与癌旁组织差异菌群，能够解决现有方案使用口腔漱口水样本检测食管鳞癌差异菌存在特异性差，代表性不足的问题。另外，本发明的引物组能够针对食管鳞癌癌组织与癌旁组织中所有细菌菌群进行检测，能有效解决现有方案石蜡包埋方法只针对单一菌群检测，代表性不足的问题。

技术领域

本发明涉及微生物分子生物学检测技术领域，尤其涉及一种检测食管鳞癌癌组织与癌旁组织差异菌群的引物组、试剂盒和检测方法。

背景技术

食管癌是中国最常见的严重危害人民健康的恶性肿瘤之一，95％为食管鳞癌，具有恶性程度高、转移快、术后生存质量差及明显的区域发病率等特点。

目前关于食管鳞癌组织菌群差异分析的研究方法包括石蜡包埋检测和口腔漱口水检测；口腔漱口水检测的检测样本来自口腔漱口水，特异性差，代表性不足；石蜡包埋检测法使用的是石蜡包埋的组织，且涉及的病原菌单一，无法排除继发关联的可能性，检测的代表性不足。目前缺少一种代表性好且结果可靠的检测食管鳞癌癌组织与癌旁组织差异菌群的方法。

发明内容

本发明的目的在于提供一种检测食管鳞癌癌组织与癌旁组织差异菌群的引物组、试剂盒和检测方法，该引物组、试剂盒和检测方法具有代表性好且结果可靠的优点。

为了实现上述发明目的，本发明提供以下技术方案：

本发明提供了一种检测食管鳞癌癌组织与癌旁组织差异菌群的引物组，所述引物组包括上游引物341F和下游引物806R；所述上游引物341F的核苷酸序列如SEQ ID No.1所示；所述下游引物806R的核苷酸序列如SEQ ID No.2所示。

本发明提供各类一种包括上述方案所述引物组的试剂盒。

优选的，所述试剂盒还包括2×Phusion Master Mix和双蒸水。

本发明提供了一种基于上述方案所述引物组或所述试剂盒的非诊断目的的检测食管鳞癌癌组织与癌旁组织差异菌群的方法，包括以下步骤：

1)分别提取食管鳞癌患者的癌组织和癌旁组织中的菌群基因组DNA；

2)分别以癌组织中的菌群基因组DNA和癌旁组织中的菌群基因组DNA 为模板，利用权利要求1所述引物组进行PCR扩增反应，得到PCR扩增产物；

3)对所述PCR扩增产物进行琼脂糖凝胶电泳检测，选择主带大小在 400～450bp之间的条带，切胶回收，得到目标条带；

4)利用所述目标条带构建文库，进行测序，得到癌组织和癌旁组织菌群测序数据；

5)对所述癌组织和癌旁组织菌群测序数据进行质量控制，得到质控后的数据；

6)将所述质控后的数据导入Qiime2019.4软件，使用DADA2算法降噪得到特异性扩增子，过滤总序列数低于10或出现在少于5例样本中的特异性扩增子，应用Bayes分类器比对Greengenes13.8数据库，对代表性特异性扩增子进行物种注释，得到物种注释后的数据；

7)采用Qiime2019.4软件对物种注释后的数据进行分析，分别计算癌组织和癌旁组织菌群的Alpha多样性、Beta多样性和相对丰度，得到计算结果；

8)统计计算结果，筛选得到食管鳞癌癌组织与癌旁组织的差异菌群。

优选的，所述上游引物341F和下游引物806R的浓度分别为10μmol/L。