[发明专利]一种基于SNP标记评估母猪泌乳力的方法在审
| 申请号: | 202010093285.3 | 申请日: | 2020-02-14 |
| 公开(公告)号: | CN112941197A | 公开(公告)日: | 2021-06-11 |
| 发明(设计)人: | 唐中林;陈云;易国强;杨亚岚 | 申请(专利权)人: | 中国农业科学院深圳农业基因组研究所 |
| 主分类号: | C12Q1/6888 | 分类号: | C12Q1/6888;C12N15/11 |
| 代理公司: | 北京康思博达知识产权代理事务所(普通合伙) 11426 | 代理人: | 刘冬梅;范国锋 |
| 地址: | 518000 广*** | 国省代码: | 广东;44 |
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| 摘要: | |||
| 搜索关键词: | 一种 基于 snp 标记 评估 母猪 泌乳力 方法 | ||
1.一种基于SNP标记评估母猪泌乳力的方法,其特征在于,所述方法包括以下步骤:
步骤1,获得与母猪泌乳力相关的SNP标记及其基因型;
步骤2,提取待测母猪的基因组DNA;
步骤3,检测待测母猪相关SNP标记的基因型;
步骤4,根据基因型评估待测母猪的泌乳力。
2.根据权利要求1所述的方法,其特征在于,与母猪泌乳力相关的指标为21天断奶仔猪个体重和窝重。
3.根据权利要求1所述的方法,其特征在于,所述与母猪泌乳力相关的SNP标记位于ENSSSCG00000004081基因上。
4.根据权利要求1所述的方法,其特征在于,所述与母猪泌乳力相关的SNP标记位于国际猪基因组10.2版本参考序列Chromosome1:16,077,935处,具有T/C多态性。
5.根据权利要求4所述的方法,其特征在于,所述国际猪基因组10.2版本参考序列Chromosome1:16,077,935处的SNP位点的基因型为TT的猪,相较于基因型为TC和CC的猪有更高的21天断奶仔猪个体重和窝重。
6.根据权利要求1所述的方法,其特征在于,所述与母猪泌乳力相关的SNP标记及其基因型按照包括以下步骤的方法筛选得到:
步骤i,提取猪群体的基因组DNA;
步骤ii,进行基因分型;
步骤iii,进行基因型数据和表型数据的关联分析。
7.根据权利要求6所述的方法,其特征在于,步骤ii包括以下子步骤:
步骤ii-1,对基因组DNA进行PCR扩增;
步骤ii-2,对扩增产物进行SAP消化处理;
步骤ii-3,对消化处理后的产物进行单碱基延伸反应;
步骤ii-4,将延伸产物进行质谱检测。
8.根据权利要求7所述的方法,其特征在于,步骤ii-1中,采用扩增引物对基因组DNA进行扩增,所述引物P1和P2的核苷酸序列分别如SEQ ID NO.2和SEQ ID NO.3所示。
9.根据权利要求7所述的方法,其特征在于,步骤ii-3中,采用单碱基延伸引物P3、P4和P5对消化处理后的产物进行单碱基延伸,所述P3、P4和P5的核苷酸序列分别如SEQ IDNO.4、SEQ ID NO.5和SEQ ID NO.6所示。
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