[发明专利]适于米粉专用稻筛选的SNP功能分子标记及其应用

说明书

本发明公开了适于米粉专用稻筛选的SNP功能分子标记及其应用。其中，Wx^g2基因SNP功能分子标记由两对引物组成，该SNP多态性为T/C，位于Wx基因第10外显子第115碱基处；Alk^lASV基因SNP功能分子标记由两对引物组成，多态性为GC/TT，位于Alk基因第8外显子第864、865碱基处。以待检测水稻品系DNA为模板，采用所述SNP功能分子标记引物进行PCR扩增，根据扩增结果可以准确、快速地判断被检水稻样品是否含有Wx^g2和Alk^lASV基因以及含有的Wx^g2和Alk^lASV基因型为纯合或杂合，进而实现对Wx^g2和Alk^lASV基因的分子标记辅助选择，最终能够快速选育米粉专用水稻品种。

技术领域

本发明涉及用于筛选米粉专用水稻的功能分子标记及其专用SNP功能分子标记的应用，属于米粉专用稻品种选育领域。

背景技术

水稻是中国的第一大粮食作物，水稻生产对于维护我国粮食安全、社会稳定和经济发展有着举足轻重的作用。米粉(rice noodle)作为一种重要的稻米加工产品，以其方便快捷、营养合理、口味丰富等特点成为我国南方地区餐饮业的重要组成部分，广州的“沙河粉”、常德的“金健鲜米粉”、江西的“会昌米粉”等已扬名国内外。除此之外，在东南亚地区(印尼、菲律宾，新加坡)及美国、英国、法国等20多个国家和地区均有着巨大的消费需求和市场。闵军等(2008中国稻米(1):18–20)报道，中国大陆地区每年用于米粉加工的大米约120万吨,占食品加工用米总量的1/3左右。目前，随着米粉产品市场的进一步扩大，米粉专用稻的需求量将越来越大。

米粉稻多为早稻品种，感温性强，目前主要集中分布在江西、湖南、广西、广东、湖北等省份。米粉稻的蒸煮品质虽然较差，但却适宜于加工成米粉，其加工特性主要取决于稻米的直链淀粉含量、胶稠度和糊化温度(碱消值)3项理化指标。一般来说，直链淀粉含量高、胶稠度短有助于米粉加工成粗细均匀，垂直性好，酸度低的米线或粉条；糊化温度高(碱消值低)有助于米线或粉条煮后不糊汤、不断条、不破裂，口感爽滑柔韧，富有弹性。由于米粉具有不易膨胀和糊化的特点，因此相比于普通大米，米粉具有耐消化和促进餐后血糖稳定的功能，具有极高的保健功能。目前，仅有湖南省地方标准《米粉专用稻谷》(DB43/264-2005)对米粉稻的3项理化指标(直链淀粉含量、胶稠度与碱消值)进行了界定。根据该标准，二级以上米粉稻的直链淀粉含量为21-25％、胶稠度为20-40毫米、碱消值为3.0-5.0级。现有的米粉稻育种技术方案是水稻种植收获后，通过测定分析直链淀粉含量、胶稠度和碱消值3个表型指标对杂交后代进行筛选，耗时费力，且工作量巨大。三个表型技术指标中,除直链淀粉含量可以通过仪器进行相对准确的测定,胶稠度和碱消值的测定则易受测定者的操作熟练程度及主观观测标准等因素干扰,试验误差大。此外，米粉稻的杂交选育在早代很难对目标品质性状进行选择(需对后代种子目标性状进行破坏性评价)，而待高代株系稳定后，米粉的理化指标性状又常常丢失，由此导致米粉稻的品种选育周期长且效率不高。因此，亟需研发一种快速、高效、准确、不依赖于表型选择的分子标记辅助选择育种方法。