[发明专利]一种宏基因组样本去宿主化提取试剂盒的使用方法在审

专利信息
申请号: 202010059725.3 申请日: 2020-01-19
公开(公告)号: CN111088249A 公开(公告)日: 2020-05-01
发明(设计)人: 刘淑君;王春香 申请(专利权)人: 泰州健为医学检验实验有限公司
主分类号: C12N15/10 分类号: C12N15/10
代理公司: 南京常青藤知识产权代理有限公司 32286 代理人: 黄胡生
地址: 225300 江苏省泰州市中国医药*** 国省代码: 江苏;32
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摘要:
搜索关键词: 一种 宏基 样本 宿主 提取 试剂盒 使用方法
【权利要求书】:

1.一种宏基因组样本去宿主化提取试剂盒的使用方法,其特征在于,包括如下步骤:

S1.病原体富集:在1.5mL第一离心管中加入样本,于室温条件下离心5-10min,除去上清液;

S2.宿主细胞裂解:在第一离心管中加入200-1000μL裂解缓冲液Buffer G1,在20-40℃条件下孵育10-30min;

S3.宿主DNA去除:第一离心管于室温条件下离心2-5min,除去上清液,向第一离心管中再次加入200-500μL裂解缓冲液Buffer G1和1-3μL全能核酸酶,30-40℃孵育10-30min,10000-12000rpm离心2-5min,除去上清液,加入500-1000μL Buffer G1清洗沉淀,10000-12000rpm离心2-5min,除去上清液,重复清洗步骤一次;

S4.微生物菌体破壁:加入100-300μL溶菌酶重悬沉淀后将重悬液转移到装有玻璃珠的裂解管中,将裂解管置于30-40℃孵育10-30min,涡旋混匀处理5-10min;

S5.微生物裂解和核酸提取:将样品瞬时离心后加入10-40μL蛋白酶K和200-500μL裂解缓冲液Buffer GL,涡旋混匀后于50-65℃孵育10-30min,12000rpm离心1min,吸取上清至第二离心管中,向第二离心管中加入200μL无水乙醇,涡旋混匀后将溶液加入到已装入收集管的吸附柱中,12000rpm离心1min,除去收集管中的液体,将吸附柱重新放回至该收集管中,向吸附柱中加入500μL清洗液Buffer GW1,12000rpm离心1min,除去收集管中的液体,将吸附柱重新放回至该收集管中,向吸附柱中加入500μL清洗液Buffer GW2,12000rpm离心1min,除去收集管中的液体,将吸附柱重新放回至该收集管中,12000rpm离心2min后,除去收集管中的液体,将吸附柱置于室温条件下彻底晾干后放入第三离心管中,向吸附柱中加入50μL Buffer GE,室温放置5min,12000rpm离心1min,收集DNA溶液于-20℃条件下保存。

2.根据权利要求1所述的宏基因组样本去宿主化提取试剂盒的使用方法,其特征在于,步骤S2中裂解缓冲液Buffer G1包括5mM Tris-HCl、3mM MgCl2,1%Triton X-100,1%(w/v)SDS,10mM DTT和10mM HEPS-KOH,裂解缓冲液Buffer G1的pH值为8.0。

3.根据权利要求2所述的宏基因组样本去宿主化提取试剂盒的使用方法,其特征在于,步骤S3中的全能核酸酶的浓度为200-250U/μL。

4.根据权利要求3所述的宏基因组样本去宿主化提取试剂盒的使用方法,其特征在于,步骤S4中裂解管置于30-40℃孵育10-30min后,可于恒温混匀仪上2500-2900rpm处理5-10min。

5.根据权利要求4所述的宏基因组样本去宿主化提取试剂盒的使用方法,其特征在于,步骤S5中裂解缓冲液Buffer GL包含Tris-HCl、氯化钠、异硫氰酸胍、SDS和TritonX-100。

6.根据权利要求5所述的宏基因组样本去宿主化提取试剂盒的使用方法,其特征在于,步骤S5中样品与蛋白酶K的体积比为5:1-20:1,蛋白酶K的酶活浓度范围为10mg/mL-30mg/mL。

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