[发明专利]与猪肌内脂肪含量性状相关的分子标记及其应用

说明书

本发明涉及分子标记技术领域，特别涉及与猪肌内脂肪含量性状相关的分子标记及其应用，具体涉及两个分别位于USF1基因和IGSF8基因中与猪肌内脂肪含量性状相关的分子标记以及位于猪4号染色体上两段与该性状相关的选择信号区域及其应用。通过应对猪的DNA数据进行基因分型，获得SNP分型数据；基于F_ST和XPEHH选择信号检测方法，通过构建梯度变化群体对，鉴别出两段位于猪4号染色体上与肌内脂肪含量性状相关的选择信号区域，筛选出两个与该性状相关的分子标记，利用该标记能针对猪的肌内脂肪含量性状开展标记辅助选择。

【技术领域】

本发明涉及猪分子标记筛选技术领域，具体涉及与猪肌内脂肪含量性状相关的分子标记及其应用。

【背景技术】

猪肉质性状是一项重要的经济性状，一直是育种工作者关注的重点。肌内脂肪含量作为重要的肉质性状，在很大程度上决定了猪肉的口感、风味与品质，具有重要的经济价值(Zhang et al.2019)。在长期追求瘦肉型猪的育种过程中，通过背膘厚性状的选择使得猪瘦肉率得到极大的提高，然而在商业猪品种中猪肉的口感、风味与品质均出现不同程度的降低。如何提高猪肉品质，生产肌内脂肪含量高、优质美味的猪肉是当前市场的需求，也是育种工作的重要目标。然而，肉质性状需要屠宰后测定，属于难于度量的性状范畴，在遗传改良中具有较大的难度(Ma et al.2018)。现阶段主要的思路是：通过标记辅助选择或基因组选择方法对肌内脂肪含量等肉质性状进行遗传改良，但目前与猪肌内脂肪含量性状相关的分子标记依然十分有限。

本发明利用F_ST(Weir et al.1984)和XPEHH(Sabtebi et al.2007)两个群体间选择信号的检测方法，针对大白猪肌内脂肪含量性状，通过构建3个表型梯度变化群体对，准确定位出肌内脂肪含量性状特异的选择信号关联位点，确定潜在的性状特异选择信号候选区域，结合数据库挖掘等生物信息分析手段准确定位了位于4号染色体上两个重要的SNP标记与两个基因片段与肌内脂肪含量性状密切相关。目前上述成果尚未见报道，因此该标记的发现对于猪肉质性状的遗传改良具有潜在的重要价值。

【发明内容】

鉴于上述内容，有必要提供与猪肌内脂肪含量性状相关的分子标记及其应用，该分子标记能应用于筛选肌内脂肪含量高/低的猪，为猪的肌内脂肪含量选择和提高提供了新的分子标记基础。

为达到上述目的，本发明所采用的技术方案是：

与猪肌内脂肪含量相关的分子遗传标记，，所述的分子遗传标记至少包括以下标记之一：

标记一：位于猪第4号染色体第89398587位核苷酸，该位点的碱基为G或A，对应核苷酸序列表SEQ ID NO.1的第51位碱基；(rs55617884)

标记二：位于猪第4号染色体第90378144位核苷酸，该位点的碱基为T或C，对应核苷酸序列表SEQ ID NO.2的第51位碱基。(rs80782100)

进一步的，所述猪第4号染色体的第89398587位碱基为G的纯合体时，为GG型；所述猪第4号染色体的第89398587位碱基为A的纯合体时，为AA型；所述猪第4号染色体的第89398587位碱基为G和A的杂合体时，为GA型；所述猪第4号染色体的第90378144位碱基为C的纯合体时，为CC型；所述猪第4号染色体的第90378144位碱基为T的纯合体时，为TT型；所述猪第4号染色体的第90378144位碱基为C和T的杂合体时，为TC型。

进一步的，所述AA型基因的猪其肌内脂肪含量高于GA型和GG型；所述TC型基因的猪其肌内脂肪含量高于TT型和CC型。

用于扩增所述分子遗传标记的引物或鉴定所述分子遗传标记的探针。

含有所述引物或探针的试剂盒。

本发明还包括所述分子遗传标记在高或低猪肌内脂肪含量品种或品系选育中的用途。