[发明专利]与猪肌内脂肪含量性状相关的分子标记及其应用

权利要求书

1.与猪肌内脂肪含量相关的分子遗传标记，其特征在于，所述的分子遗传标记至少包括以下标记之一：

标记一：位于猪第4号染色体第89398587位核苷酸，该位点的碱基为G或A，对应核苷酸序列表SEQ ID NO.1的第51位碱基；

标记二：位于猪第4号染色体第90378144位核苷酸，该位点的碱基为T或C，对应核苷酸序列表SEQ ID NO.2的第51位碱基。

2.根据权利要求1所述与猪肌内脂肪含量相关的分子遗传标记，其特征在于，所述猪第4号染色体的第89398587位碱基为G的纯合体时，为GG型；所述猪第4号染色体的第89398587位碱基为A的纯合体时，为AA型；所述猪第4号染色体的第89398587位碱基为G和A的杂合体时，为GA型；所述猪第4号染色体的第90378144位碱基为C的纯合体时，为CC型；所述猪第4号染色体的第90378144位碱基为T的纯合体时，为TT型；所述猪第4号染色体的第90378144位碱基为C和T的杂合体时，为TC型。

3.根据权利要求2所述与猪肌内脂肪含量相关的分子遗传标记，其特征在于，所述AA型基因的猪其肌内脂肪含量高于GA型和GG型；所述TC型基因的猪其肌内脂肪含量高于TT型和CC型。

4.用于扩增权利要求1-3所述分子遗传标记的引物或鉴定权利要求1所述分子遗传标记的探针。

5.含有权利要求4所述引物或探针的试剂盒。

6.一种如权利要求1-3所述分子遗传标记在高或低猪肌内脂肪含量品种或品系选育中的用途。

7.利用权利要求1-3所述分子标记在选育或辅助选猪肌内脂肪含量高/低猪的方法，其特征在于，所述方法为：提取目标猪个体的总DNA，检测猪的第4号染色体的第89398587位核苷酸，判断猪的基因型为GG型、GA型或AA型；检测猪的第90378144位核苷酸，判断猪的基因型为CC型、TC型或TT型；针对需求选择不同基因型的猪。

8.一种获取与猪肌内脂肪含量相关的分子遗传标记的方法，其特征在于，所述方法为：屠宰实验测定猪肌内脂肪含量，并构建3个表型梯度变化群体对；采用群体间选择信号检测方法F_ST和XPEHH分别检测三对极端表型梯度变化的群体对的选择信号特征；计算上述显著选择信号位点在3组梯度对中的SNP位点选择信号梯度变化指数；表示为第1指数、第2指数；第1指数为最高差异梯度对计算统计量和中等差异梯度对计算统计量之差，第2指数为普通差异梯度对计算统计量和中等差异梯度对计算统计量之差，呈现统计量大小梯度递增，即计算选择位点梯度变化指数第1指数为正值、第2指数为负值的位点被定义为目标性状关联位点，具备选择潜力。基于F_ST方法共检测到位于SSC4上的4个符合上述条件的SNP分子标记位点；在3组极端表型差异梯度对中分别计算XPEHH统计量，分别对3组极端表型差异对中计算获得的正负统计量进行秩排序，统计量位于前1％的值定义为选择信号显著位点，基于XPEHH方法共检测到位于SSC4上的14个符合上述条件的SNP分子标记位点，将上述目标性状关联的SNP分子位点左右100kb的区域定义为目标性状选择信号候选区域，并将有重合的区域进行合并之后得到肌内脂肪含量性状关联的特异选择信号区域。