[发明专利]用于使用KDM1A抑制剂个体化治疗小细胞肺癌的生物标志物和方法

说明书

本申请公开了预测患有小细胞肺癌(SCLC)的患者对使用KDM1A抑制剂治疗的响应性的生物标志物和方法，以及治疗使用所述方法识别的SCLC患者亚组的方法。

技术领域

本发明涉及用于使用KDM1A抑制剂个体化治疗小细胞肺癌(SCLC)的生物标志物和方法。本发明提供了识别可受益于KDM1A抑制剂治疗的SCLC患者的方法和用KDM1A抑制剂治疗此类患者的方法。

背景技术

赖氨酸特异性去甲基化酶1(LSD1，也称为KDM1A)是一种组蛋白修饰酶，负责二甲基组蛋白3赖氨酸4(H3K4me2)的去甲基化(Shi等人,Cell2004)。在几种人癌症中，KDM1A过表达已与疾病进展和较差的预后相关，已表明其抑制作用降低癌细胞的生长、迁移和侵袭。因此，KDM1A已被认为是开发治疗癌症的新药的目的靶标，目前有几种KDM1A抑制剂正处于肿瘤学临床试验中。

特别地，已经报道了KDM1A抑制剂对治疗小细胞肺癌(SCLC)有效。已经表明，KDM1A抑制降低SCLC细胞系的体外增殖并延缓SCLC荷异种移植小鼠体内的肿瘤生长(Mohammad等人，2015，Cancer Cell 28,57-69)。然而，已发表的数据表明，虽然某些SCLC对KDM1A抑制高度敏感，但对KDM1A抑制的灵敏度并不是SCLC细胞的普遍特征。这就需要开发使用KDM1A抑制剂进行个体化SCLC治疗的方法，特别是需要开发患者选择的方法，以识别那些将从接受KDM1A抑制剂治疗中受益或最大受益的SCLC患者。

因此，本发明的技术问题是提供用于识别和治疗最适合用KDM1A抑制剂治疗的SCLC患者的工具和方法。

发明内容

本发明提供了用于使用KDM1A抑制剂个体化治疗小细胞肺癌(SCLC)的工具和方法。

在一个方面，本发明提供了一种识别更有可能对包含KDM1A抑制剂的治疗响应的SCLC患者的方法，所述方法包括在开始包含KDM1A抑制剂的治疗之前，测量来自患者样品中的ASCL1和SOX2的水平。在一些实施方案中，当样品中ASCL1和SOX2各自的水平超过阈值时，患者被识别为更有可能对包含KDM1A抑制剂的治疗响应。

例如，患者被识别为更有可能对包含KDM1A抑制剂的治疗响应，相较于患有SCLC和在开始包含KDM1A抑制剂的治疗之前具有来自患者样品中的测量的ASCL1和SOX2水平的患者(当样品中ASCL1和SOX2各自的水平不超过阈值时)。反之，后一患者(样品中ASCL1和SOX2各自的水平不超过阈值)不太可能对包含KDM1A抑制剂的治疗响应。该示例性解释适用于本文提供的所有方面和用途，这些方面和用途涉及、涵盖或包括识别更有可能对包含KDM1A抑制剂等的治疗响应/有响应的SCLC患者。

在一些实施方案中，所述方法还包括使用样品中的ASCL1和SOX2的水平以产生该样品的评分，其中当样品中的评分超过阈值时，患者被识别为更有可能对包含KDM1A抑制剂的治疗响应。

在另一个方面，本发明提供了一种识别可受益于包含KDM1A抑制剂的治疗的SCLC患者的方法，所述方法包括在开始包含KDM1A抑制剂的治疗之前，测量来自患者样品中的ASCL1和SOX2的水平。在一些实施方案中，当样品中ASCL1和SOX2各自的水平超过阈值时，患者被识别为可受益于包含KDM1A抑制剂的治疗的患者。在一些实施方案中，所述方法还包括使用样品中的ASCL1和SOX2的水平以产生该样品的评分，其中当样品中的评分超过阈值时，患者被识别为可受益于包含KDM1A抑制剂的治疗的患者。