[发明专利]评价方法、评价程序和评价装置

说明书

评价装置通过移位而生成新的碱基序列数据。评价装置确定通过将新的碱基序列数据中所含的多个碱基从新的碱基序列数据上的基准位置以规定规则划分而生成的多个部分碱基序列中的包含推测产生了基因变异的碱基的部分碱基序列。评价装置根据在所确定的部分碱基序列以及多个部分碱基序列中的与所确定的部分碱基序列具有规定的位置关系的部分碱基序列的排列在通过将规定的碱基序列数据中所含的多个碱基从规定的碱基序列数据上的基准位置以规定规则划分而生成的多个部分碱基序列中出现的出现状况进行评价。

技术领域

本发明涉及一种评价方法等。

背景技术

基因组药物发现是想要通过基于基因组信息对疾病与基因的关联进行解析而更有逻辑地、科学地开发新的医药品的办法。该办法中，重要的是如何从解码的基因组的碱基序列数据中探索具有特定功能的靶基因并与药物发现联系起来。

目前，除碱基序列数据之外，以单核苷酸多态性(SNPs)为代表的人基因组多态性数据也正逐步在数据库中累积。使用该数据库进行被称为定位克隆的解析，能够以药物发现为目标而找到与疾病相关联的目靶基因。

另外，通过使用人的检体、小鼠等的病理模型找出患病组织与正常组织中表达发生变化的基因，从而有助于基因组药物发现。例如，存在如下现有技术：使正常的碱基序列数据产生虚拟的突变，进行与癌症基因组等的特定的碱基序列数据的类似度的评价，推测正常的碱基序列数据因突变而癌化的可能性。在该现有技术中，使正常的碱基序列数据的随机的位置产生多种突变，评价与各种癌症基因组的碱基序列数据的类似度。

在现有技术中，在对癌症、新型病毒进行分析的情况下，可使用FASTA、BLAST。在FASTA、BLAST中，将碱基序列翻译为氨基酸的符号，将氨基酸作为比较单位进行同源性检索，判定与已知的碱基序列数据的类似性。图29为表示同源性检索中使用的得分矩阵的图。

现有技术文献

专利文献

专利文献1：日本特开2004-357702号公报

专利文献2：日本特开2006-075162号公报

专利文献3：日本特开2011-193868号公报

发明内容

然而，在上述的现有技术中，由于使正常的碱基序列数据的随机的位置产生多种突变，因此变化多。因此，在详尽地评价产生突变的碱基序列数据与各癌症基因组的碱基序列数据的类似度的情况下，存在处理量大、评价需要时间这样的问题。

在1个方面中，本发明的目的在于提供能够使碱基序列数据的评价高速化的评价方法、评价程序和评价装置。

在第1方案中，计算机执行以下处理。计算机取得碱基序列数据，通过使取得的碱基序列数据中所含的多个碱基的碱基序列数据上的位置移位而生成新的碱基序列数据。计算机确定通过将所生成的新的碱基序列数据中所含的多个碱基从新的碱基序列数据上的基准位置以规定规则划分而生成的多个部分碱基序列中的包含推测产生了基因变异的碱基的部分碱基序列。计算机根据所确定的部分碱基序列以及多个部分碱基序列中的与所确定的部分碱基序列具有规定的位置关系的部分碱基序列的排列在通过将规定的碱基序列数据中所含的多个碱基从规定的碱基序列数据上的基准位置以规定规则划分而生成的多个部分碱基序列中出现的出现状况进行与所取得的碱基序列数据相关的评价。

能够使碱基序列数据的评价高速化。

附图说明

图1为用于说明基因组的图。

图2为表示氨基酸与碱基和密码子的关系的图。

图3为用于说明本实施例1的评价装置的处理的图(1)。

图4为用于说明本实施例1的评价装置的处理的图(2)。