[发明专利]用于检测腺相关病毒(AAV)载体转导的增强子和抑制剂和/或检测或定量抗AAV结合抗体的体外测定

说明书

本文公开了用于分析或检测来自受试者的生物样品中腺相关病毒(AAV)载体细胞转导的非抗体抑制剂和/或增强子的存在的方法。本文还公开了用于分析或检测抑制、降低或减少来自受试者的生物样品中的AAV载体细胞转导的AAV结合抗体的存在的方法。这些方法部分依赖于使用空衣壳AAV颗粒来吸收AAV结合抗体，以检测在分析AAV中和抗体(NAb)的生物样品中的AAV载体细胞转导的增强子或抑制剂(当存在时)。

相关申请

本申请要求于2018年11月16日申请的美国临时专利申请No.62/768,665的优先权。上述引用的申请其全部公开内容(包括所有文本、表格、序列表和附图)都通过引用合并于此。

背景技术

腺相关病毒(AAV)载体基因转移已证明在治疗Leber先天性黑蒙和用于出血性疾病A和B的人类临床试验中具有临床功效。由于暴露于野生型AAV，不同百分比的人类将呈现与衣壳结合的抗体，其可抑制或阻止AAV载体细胞转导。这种与AAV结合的抗体是基于AAV的基因治疗载体的主要障碍，从而使一些患者无法获得可能挽救生命的疗法。因此，对于AAV的中和抗体(NAb)呈阳性的受试者通常被排除在基因治疗试验之外，并且也不是基因治疗的最佳候选者。

抗AAV抗体可以用结合测定法测量，其中检测与病毒结合的IgG，或用细胞转导抑制测定法测量，其中在体外测量报道载体的细胞转导效率。虽然抗体结合测定法很容易设置，但它们无法确定哪些结合抗体会影响AAV载体转导。相反，基于细胞的NAb测定确实测量了由抗AAV循环因子介导的载体转导的抑制程度，但既耗时又在灵敏度和准确性方面存在挑战。此外，Nab测定法的程序缺乏标准化是解释基因治疗试验结果的障碍。

发明内容

如本文所公开的，存在不同于AAV结合抗体的其他因子，其可以抑制、降低或减少AAV载体细胞转导。如本文还公开的，存在可以增强AAV载体细胞转导的因子。这些增强和抑制因子可以存在于适合用基于AAV的基因疗法治疗或参与基于AAV的基因疗法临床试验的某些受试者中。通常，评估受试者是否存在AAV结合抗体，以确定基因疗法治疗的适用性/资格。还可以在接受基因疗法治疗后评估受试者是否存在AAV结合抗体，以监测抗体的发展或基因疗法治疗的后续重新给药。然而，如果需要测量AAV结合抗体的受试者具有AAV载体细胞转导的增强剂或抑制剂，则典型的基于细胞的抗体测定法将提供不准确的关于AAV结合抗体滴度的定量结果。

例如，在具有AAV结合抗体的受试者中存在增强AAV载体细胞转导的因子的情况下，AAV结合抗体的量将被低估，并且如果足够低会导致受试者中AAV结合抗体的假阴性。这种假阴性受试者实际上对AAV结合抗体呈阳性。

在受试者中存在抑制AAV载体细胞转导的因子的情况下，即使没有可检测的AAV结合抗体，如果存在足够的抑制剂来抑制或减少AAV载体细胞转导，该测试将导致受试者中AAV结合抗体的假阳性。这类假阳性受试者实际上对AAV结合抗体呈阴性或具有相对较低的AAV抗体滴度。

因此，本发明尤其提供了分析样品中是否存在此类增强因子或抑制因子的方法和检测样品在样品中存在的此类增强因子或抑制因子的方法。所述样品例如来自受试者的生物样品。

在某些实施方案中，一种用于分析或检测来自受试者的生物样品中存在腺相关病毒(AAV)载体细胞转导的增强子的方法，其包括：

(a)提供a.包含重组AAV载体的感染性重组AAV颗粒，所述重组AAV载体包含报道转基因，所述报道转基因与一种或多种表达调控元件能操作地连接；b.空衣壳AAV颗粒，c.允许AAV感染的细胞和d.来自受试者的生物样品；

(b)通过以下方式进行第一次测定：a.在使得所述细胞被所述感染性重组AAV颗粒转导，并且所述报道转基因由所述细胞表达的条件下，使所述细胞与所述感染性重组AAV颗粒接触；以及b.测量所述报道转基因的表达并且确定表示为MAX的值；