[发明专利]碱基识别方法、系统和测序系统

说明书

本发明公开了一种碱基识别方法、系统、计算机程序产品和测序系统。碱基识别方法包括将对应测序模板的亮斑集合中的亮斑的坐标对应到待检图像上，确定待检图像的相应坐标位置；确定待检图像的相应坐标位置的强度；以及，比较待检图像的相应坐标位置的强度与预设阈值的大小，基于待检图像上强度大于预设阈值的位置的信息进行该碱基识别。该方法和/或系统通过将对应测序模板的亮斑集合中的亮斑的坐标映射到待检图像上，基于待检图像上相应坐标位置的信息进行碱基识别，能够快速、简便且通量高地识别出碱基，确定核酸序列。

技术领域

本发明涉及信息处理和识别领域，具体地，涉及核酸序列测定相关数据的处理和分析，更具体地，涉及一种碱基识别方法、一种碱基识别系统、一种测序系统和一种计算机程序产品。

背景技术

在相关技术中，包括在基于成像系统多次对生化反应中的核酸分子(模板)进行图像采集以测定该核酸分子的核苷酸顺序的测序平台中，如何有效、准确以及通量高地获得核酸模板的至少一部分的核苷酸组成和顺序，包括如何对多次不同时间点所采集的图像包括图像上的信息进行识别和处理，是值得关注的问题。

发明内容

本发明实施方式旨在至少解决相关技术中存在的技术问题之一或者至少提供一种可选择的实用方案。为此，本发明提供了一种碱基识别方法、一种碱基识别系统、一种计算机程序产品和一种测序系统。

依据本发明的一个实施方式，提供一种碱基识别方法，该方法包括：将对应测序模板的亮斑集合中的亮斑的坐标对应到待检图像上，以确定待检图像的相应坐标位置；确定所称的待检图像的相应坐标位置的强度；以及比较待检图像的相应坐标位置的强度与预设阈值的大小，基于待检图像上强度大于预设阈值的位置的信息进行碱基识别；所称的对应测序模板的亮斑集合基于多个图像构建获得，所称的图像和待检图像均采集自碱基延伸反应，图像和待检图像对应相同的视野，碱基延伸反应时的该视野中存在多个带有光学可检测标记的核酸分子，至少一部分所称的核酸分子在图像和/或待检图像上表现为亮斑。

依据本发明的一个实施方式，提供一种碱基识别系统，用以实施上述本发明任一实施方式中的碱基识别方法，该系统包括：映射模块，用于将对应测序模板的亮斑集合中的亮斑的坐标对应到待检图像上，以确定待检图像的相应坐标位置；强度确定模块，用于计算来自映射模块的待检图像的相应坐标位置的强度；以及识别模块，用于比较来自强度确定模块的待检图像的相应坐标位置的强度与预设阈值的大小，以及基于待检图像上强度大于预设阈值的位置的信息进行该碱基识别；所称的对应测序模板的亮斑集合基于多个图像构建获得，所称的图像和待检图像均采集自碱基延伸反应，图像和待检图像对应相同的视野，碱基延伸反应时的该视野中存在多个带有光学可检测标记的核酸分子，至少一部分核酸分子在图像和/或待检图像上表现为亮斑。

依据本发明的再一个实施方式，提供一种碱基识别系统，该系统包括：存储器，用于存储数据，包括计算机可执行程序；处理器，用于执行所称的计算机可执行程序，以实施上述本发明任一实施方式中的碱基识别方法。

依据本发明的一个实施方式，提供一种测序系统，该系统包括上述本发明任一实施方式的碱基识别系统。

依据本发明的一个实施方式，提供一种计算机可读存储介质，用于存储供计算机执行的程序，执行程序包括完成上述任一实施方式中的碱基识别方法。计算机可读存储介质包括但不限于只读存储器、随机存储器、磁盘或光盘等。

依据本发明的一个实施方式，提供一种计算机程序产品，包括指令，该指令在计算机执行所称的程序时，使该计算机执行上述本发明任一实施方式中的碱基识别方法。

依据本发明的一个实施方式，提供一种测序系统，包括上述本发明任一实施方式的计算机程序产品。