[发明专利]检测串联重复的方法

权利要求书

1.一种检测核酸序列中的串联重复的方法，其中所述串联重复包含两个或更多个重复单元，所述重复单元中的每个重复单元包括至少两个碱基对，其中，所述方法包括：

(a)在等温条件和严格条件下，在反应混合物中从样本扩增核酸序列，该反应混合物包含：

(i)核酸序列，

(ii)核酸聚合酶，

(iii)核苷三磷酸混合物，

(iv)正向内部引物(FIP)，和

(v)反向内部引物(BIP)，

其中FIP或BIP退火至靶区域，该靶区域包含来自两个重复单元中的每个重复单元的一个或多个核苷酸，其中所述两个重复单元是相邻的，和

(b)检测扩增的核酸序列，其中检测到扩增的核酸序列指示串联重复的存在。

2.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，FIP包括F1c区和F2区，其中所述FIP的F2区退火至所述靶区域。

3.根据权利要求2所述的方法，其特征在于，所述FIP的F2区包含相对于所述靶区域的一个或多个错配核苷酸。

4.根据权利要求3所述的方法，其特征在于，所述一个或多个错配核苷酸位于所述FIP的F2区的3’端附近。

5.根据权利要求2至4中任一项所述的方法，其特征在于，所述FIP的F2区包含18至30个核苷酸。

6.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，BIP包括B1c区和B2区，其中所述BIP的B2区退火至靶区域，可选地其中所述BIP的B2区包含相对于靶区域的一个或多个错配核苷酸，可选地其中所述一个或多个错配核苷酸位于所述BIP的B2区的3’端附近，并且可选地其中所述BIP的B2区包含18至30个核苷酸。

7.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其特征在于，

(a)所述串联重复是直接串联重复，

(b)所述串联重复的长度小于或等于300个碱基对，和/或

(c)所述串联重复包含两个或三个重复单元。

8.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其特征在于，所述重复单元中的每个重复单元包括20至70个碱基对，可选地30至50个碱基对。

9.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其特征在于，所述靶区域包含：来自第一重复单元的10个或更多个核苷酸；来自第二重复单元的1至10个核苷酸；总共18至30个核苷酸。

10.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其特征在于，所述反应混合物进一步包含正向外部引物(F3)和/或反向外部引物(B3)。

11.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其特征在于，所述反应混合物进一步包含正向环引物(LF)和/或反向环引物(LB)。

12.一种检测生物体的耐药性的方法，所述方法包括根据前述权利要求中任一项所述的方法检测核酸序列中的串联重复。

13.一种诊断传染病或耐药性感染的方法，所述方法包括根据权利要求1至11中任一项所述的方法检测核酸序列中的串联重复。

14.一种治疗有需要的对象的传染病或耐药性感染的方法，所述方法包括根据权利要求13所述的方法诊断传染病或耐药性感染，并进一步包括向所述有需要的对象施用药物。

15.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其特征在于，所述方法是临时地执行的。