[发明专利]用于指导RNA设计和使用的方法和系统在审
| 申请号： | 201980047559.0 | 申请日： | 2019-05-16 |
| 公开（公告）号： | CN112654710A | 公开（公告）日： | 2021-04-13 |
| 发明（设计）人： | 里查德·斯托纳;特拉维斯·毛雷斯;大卫·科南特 | 申请（专利权）人： | 辛瑟高公司 |
| 主分类号： | C12N15/85 | 分类号： | C12N15/85;C12N15/90 |
| 代理公司： | 北京安信方达知识产权代理有限公司 11262 | 代理人： | 陆扬;韦昌金 |
| 地址： | 美国加利*** | 国省代码： | 暂无信息 |
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| 摘要： | |||
| 搜索关键词： | 用于 指导 rna 设计 使用 方法 系统 | ||
1.一种用于鉴定可与基因组中的目标基因组区域杂交的指导RNA(gRNA)集的方法，所述方法包括：
设计gRNA集，其中所述gRNA集中的每个gRNA可与来自所述目标基因组区域内的多个靶位点中的靶位点杂交，所述靶位点与来自所述指导RNA集的至少一个其他指导RNA的多个靶位点中的不同靶位点相距至少30个碱基。
2.根据权利要求1所述的方法，所述靶位点与所述不同靶位点相距最多170个碱基。
3.根据权利要求1所述的方法，其中所述gRNA集中至少一个gRNA的序列与所述目标基因组区域互补。
4.根据权利要求1所述的方法，其中所述gRNA集中至少一个gRNA的序列与所述目标基因组区域部分互补。
5.根据权利要求4所述的方法，其中所述gRNA集中与所述目标基因组区域部分互补的所述至少一个gRNA的序列相对于所述目标基因组区域包含1个、2个、3个、4个、5个或大于5个错配。
6.根据权利要求1所述的方法，其中所述gRNA集中的每个gRNA的长度为约17个至约42个碱基。
7.根据权利要求2所述的方法，其中所述gRNA集中的每个gRNA的长度为约20个碱基。
8.根据权利要求1所述的方法，其中所述gRNA集中的每个gRNA包含约20个碱基的指导序列，并且还包含长度为约22个至约80个碱基的恒定区。
9.根据权利要求8所述的方法，其中所述gRNA集中的每个gRNA的所述指导序列选择性地与所述目标基因组区域杂交。
10.根据权利要求1所述的方法，其中初始gRNA集中的每个gRNA的长度为约100个碱基。
11.根据权利要求1所述的方法，其中所述目标基因组区域包含基因的编码区域。
12.根据权利要求11所述的方法，其中所述目标基因组区域包含基因的外显子。
13.根据权利要求1所述的方法，其中所述目标基因组区域包含基因家族。
14.根据权利要求13所述的方法，其中所述目标基因组区域包含来自所述基因家族的一个或多个编码区域。
15.根据权利要求1所述的方法，其中所述目标基因组区域包含所述基因组的非编码区域。
16.根据权利要求15所述的方法，其中所述非编码区域是调控元件。
17.根据权利要求16所述的方法，其中所述调控元件是顺式调控元件或反式调控元件。
18.根据权利要求17所述的方法，其中所述顺式调控元件选自：启动子、增强子和沉默子。
19.根据权利要求13所述的方法，其中所述目标基因组区域跨越大于5kb、大于10kb、大于15kb、大于20kb、大于50kb或大于100kb。
20.根据权利要求1所述的方法，其中所述gRNA集包含至少2个、至少3个或至少4个gRNA。
21.根据权利要求1所述的方法，其中来自所述指导RNA集的至少一个gRNA包含修饰。
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