[发明专利]用于多核苷酸测序的组合物

说明书

多核苷酸测序方法包括：(i)从掺入与模板多核苷酸链的至少一部分互补的拷贝多核苷酸链中的封闭的、标记的核苷酸中去除标记物和封闭部分；和(ii)用洗涤溶液将去除的标记物和封闭部分从拷贝链洗去，该洗涤溶液包含含有清除剂化合物的第一缓冲液。去除标记物和封闭部分可以包括以化学方式去除该部分。第一缓冲液也可以包含抗氧化剂，并且可以在核苷酸检测步骤期间使用的扫描缓冲液中使用。

技术领域

本公开尤其涉及多核苷酸的测序。

背景技术

模板多核苷酸链的测序可以通过多个循环的步骤进行，通过所述多个循环的步骤，每个循环将一个可检测的核苷酸掺入与模板链互补的拷贝链(copy strand)中。可检测的核苷酸通常被封闭以防止每个循环掺入超过一个可检测的核苷酸。在温育时间之后，通常进行洗涤步骤以去除任何未掺入的可检测的核苷酸。然后可以进行检测步骤，其中确定掺入拷贝链中的可检测的核苷酸的身份。接下来，进行解封闭(unblocking)步骤和切割或掩蔽步骤，其中从拷贝链中最后掺入的核苷酸去除封闭剂，并从掺入拷贝链中最后的核苷酸切割可检测的部分或者在该最后的核苷酸上进行掩蔽。在一些情况下，去除封闭部分的步骤也去除可检测的部分。然后通过在掺入步骤中引入封闭的、可检测的核苷酸来重复该循环。

在测序循环的每个步骤中采用各种组合物。例如，在掺入步骤期间采用包含聚合酶和核苷酸的掺入组合物。当例如核苷酸包括用于检测的荧光团标记物时，扫描组合物可以尤其包括抗氧化剂，以在检测步骤期间保护多核苷酸免受光诱导的损害。在去封闭步骤期间采用去封闭(de-blocking)组合物，该组合物包括用于从掺入的核苷酸切割封闭部分的试剂。可以在去封闭步骤后使用切割后洗涤组合物，其可包括清除剂(scavenger)化合物以保护多核苷酸、酶或其他测序试剂免受在去封闭步骤中使用或由去封闭步骤产生的反应性化合物的影响。

通常采用大量的试错和考虑因素来开发在测序的每个步骤使用的组合物以优化性能。

发明内容

本公开尤其描述了对于检测步骤和切割后洗涤步骤二者采用单一组合物的多核苷酸测序方法。当相同的组合物用于检测步骤和切割后洗涤步骤时，可以减少测序过程中使用的组合物的数量，这可以提供一个或多个优点。例如，减少试剂或组合物的数量可以减轻确保多种组合物的良好生产规范和组合物或试剂稳定性的负担。此外，在测序期间使用较少的组合物可以降低测序仪器和与测序仪器一起使用的组分的复杂性，这可以改善仪器和组分的可靠性。

在本文所述的一些实施方案中，多核苷酸测序方法包括：(a)将封闭的、标记的核苷酸掺入与模板多核苷酸链的至少一部分互补的拷贝多核苷酸链中；(b)在存在第一缓冲液组合物的情况下检测封闭的、标记的核苷酸的身份；(c)从掺入拷贝链中的封闭的、标记的核苷酸去除标记物和封闭部分；和(d)用包含第一缓冲液组合物的洗涤溶液将去除的标记物和封闭部分从拷贝链洗去。第一缓冲液组合物包含抗氧化剂和清除剂化合物。可以重复步骤(a)至(d)，直到确定模板多核苷酸链的部分的序列。

在本文所述的一些实施方案中，与测序装置一起使用的盒(cartridge)包含含有多个组合物的多个室。每个室含有单一组合物，其中组合物由以下组成：(a)用于将封闭的、标记的核苷酸掺入与模板多核苷酸链的至少一部分互补的拷贝多核苷酸链中的试剂；(b)包含抗氧化剂和清除剂的缓冲液组合物；(c)用于从掺入拷贝链中的封闭的、标记的核苷酸以化学方式去除标记物和封闭部分的试剂；和(d)洗涤缓冲液。

在本文所述的一些实施方案中，与测序装置一起使用的试剂盒包含含有多个组合物的多个室。每个室含有单一组合物，其中组合物由以下组成：(a)用于将封闭的、标记的核苷酸掺入与模板多核苷酸链的至少一部分互补的拷贝多核苷酸链中的试剂；(b)包含抗氧化剂和清除剂的缓冲液组合物；(c)用于从掺入拷贝链中的封闭的、标记的核苷酸以化学方式去除标记物和封闭部分的试剂；和(d)洗涤缓冲液。