[发明专利]肿瘤功能突变和表位负荷作为免疫治疗反应的改进的预测性生物标志

权利要求书

1.一种用于预测肿瘤对免疫疗法的反应的方法(100、200、400)，包括以下步骤：

分析(120)从患者的肿瘤获得的肿瘤样本，包括对所述肿瘤样本的遗传信息的至少部分进行测序，其中，所述肿瘤样本包含通过一个或多个突变而区分的多个不同基因组，所述突变中的至少一些在所述肿瘤样本内以可变的量存在；

分析(130)从所述患者获得的非肿瘤样本，包括对所述非肿瘤样本的遗传信息的至少部分进行测序；

通过比较来自所述肿瘤样本的遗传信息与来自所述非肿瘤样本的遗传信息，来识别(140)仅在所述肿瘤样本中发现的一个或多个肿瘤特异性突变；

分析(150)来自所述肿瘤样本的遗传信息，以确定针对所识别的一个或多个肿瘤特异性突变的突变型等位基因频率；

分析(160)来自所述肿瘤样本的遗传信息，以确定所述患者的肿瘤的肿瘤纯度；

确定(210)针对所识别的一个或多个肿瘤特异性突变中的至少一个的致病性；

根据以下来计算(220)针对所识别的一个或多个肿瘤特异性突变中的至少一个的肿瘤功能突变负荷评分：(i)所述一个或多个肿瘤特异性突变的所确定的突变型等位基因频率和/或确定的等位基因特异性表达、外显子表达或基因表达；(ii)所确定的肿瘤纯度；以及(iii)所确定的致病性；

基于所述肿瘤功能突变负荷评分来预测(410)所述患者的肿瘤对免疫疗法处置的反应；并且

基于所述预测来确定(420)针对所述患者的处置。

2.根据权利要求1所述的方法，其中，计算所述肿瘤功能突变负荷评分(L_m)包括以下公式：

其中，

i是肿瘤特异性突变；

f是基于测量结果v_i、a_i和e_i来对变体的存在或表达进行量度的函数；

v_i是针对所述肿瘤特异性突变i的所确定的突变型等位基因频率；

a_i是针对所述肿瘤特异性突变i的突变i的所确定的等位基因特异性表达；

e_i是针对所述肿瘤特异性突变i的突变i的所确定基因或外显子表达；并且

s_i是所述肿瘤特异性突变i的所确定的致病性。

3.根据权利要求2所述的方法，其中，通过所述肿瘤样本的所确定的肿瘤纯度来调整所述公式中的一个或多个测量结果。

4.根据权利要求1所述的方法，还包括以下步骤：从所述患者获得(112、114)多个样本，包括来自所述患者的肿瘤的样本和非肿瘤样本。

5.根据权利要求1所述的方法，其中，确定针对肿瘤特异性突变的致病性的步骤包括查询致病性数据库。