[发明专利]个体化检测癌症复发或转移和/或评估治疗反应的方法

说明书

本公开提供了用于个体化检测受试者中癌症复发或癌症转移的方法。此类方法可以包括在使用抗癌疗法治疗之前检测受试者癌症中的一个或多个基因突变，并分析那些一种或多种突变是否存在于用抗癌疗法治疗之后从受试者获得的液体活检物中。液体活检物中的一个或多个突变的检测可用于评估癌症已在受试者中复发或转移，或评估治疗的功效。

相关申请的交叉引用

本申请要求于2019年3月18日提交的美国非临时专利申请系列号16/356,693的优先权，其要求于2018年3月16日提交的美国临时专利申请系列号62/643,827的优先权，这些专利申请的全部内容通过引用并入本文。

技术领域

本公开总体上提供了用于个体化检测癌症复发或转移(特别是在其早期阶段)的方法和材料。本公开还提供了用于评估抗癌疗法的功效的方法和材料。

背景技术

对于正在接受癌症治疗的受试者和那些处于缓解的受试者而言，复发和转移是主要关注的问题。实际上，在治疗后的前两年内受试者通常处于最高的复发风险。在http：//www.cancer.net/blog/2017-05/understanding-risk-late-recurrence-breast-cancer，可获取Understanding the Risk of Late Recurrence of Breast Cancer,Cancer.net，其公开于2017年5月25日，于2017年10月24日访问。不幸的是，大量的受试者将经历复发或转移。

研究表明，对于实体癌，癌症的转移扩散导致超过90％的癌症相关死亡。此外，研究表明，多种常见癌症的许多受试者都发生了复发。例如，一项研究表明，在初始治疗后缓解的结直肠癌受试者中约有30％会复发。同样，患有前列腺癌的受试者在接受局部癌症的前列腺切除术后，终生复发的机会为10％-30％。对于非小细胞肺癌，约50％的受试者会复发。被诊断为患有卵巢癌的受试者的复发率甚至更高，约为70％。

此外，微小残留疾病(MRD)是指在治疗期间或治疗后(甚至当受试者处于缓解时)残留在受试者中的少量癌细胞，其是血液系统癌症或恶性肿瘤复发或转移的重要原因。MRD的检测对于血液系统癌症或恶性肿瘤的管理至关重要。检测MRD极为困难，需要使用能够检测组织样本中微量水平癌症(例如癌细胞)的高灵敏度检测方法。由于与MRD检测相关的困难，经常不监测患有血液系统癌症的受试者的MRD，也不检测复发或转移，直到受试者表现出与其原始的血液系统癌症或恶性肿瘤相关的症状。此外，患有MRD的那些受试者通常不进行常规筛选，以确定他们的MRD是稳定的还是正在进行的。因此，这些受试者在知道他们的MRD可能导致复发时，只能等待，观察症状是否复发。

通常，直到癌症已经发展到可通过影像学扫描(例如CT扫描)检测到的大小，才能检测到癌症的复发或转移。等到通过影像学可检测到癌症，可能使治疗复杂化、减少受试者的治疗选择、并增加需要侵入性治疗的可能性。此外，诊断复发或转移的延迟会导致受试者的预后较差。这会增加受试者的治疗后焦虑，甚至缓解后的焦虑。因此，需要一种比传统方法能够更快地检测复发或转移、并且对于受试者而言不麻烦和较少侵入性的方法。

发明内容

本公开涉及用于检测癌症的复发或转移的方法和材料。