[发明专利]一种基于全基因组测序技术的多种动物源性掺假鉴别方法

权利要求书

1.一种基于全基因组测序技术的多种动物源性掺假鉴别方法，其特征在于，包括如下步骤：

1)根据已知线粒体基因组构建线粒体基因组数据库，对样本进行DNA提取和测序，将测序数据与线粒体基因组数据库进行比对，提取比对得到的线粒体序列；

2)以已知各动物物种线粒体基因组序列为参考序列，将1)中提取的线粒体序列进行各物种线粒体基因组重组装；

3)将1)中提取的线粒体序列比对到2)中重组装的线粒体基因组上，提取比对到2)中重组装线粒体基因组上的序列；

4)将3)中比对到重组装线粒体基因组上的序列分为2类：只比对到单一物种重组装线粒体基因组的序列，比对到多个物种重组装线粒体基因组的序列；提取只比对到单一物种重组装线粒体基因组的序列，根据序列数量分析混合物的物种组成；

5)提取线粒体序列中未比对到重组装线粒体基因组上的序列，以COX1和16S rRNA为参考序列，用RDP Classifier软件进行物种鉴定；以18S rRNA为参考序列，用Usearch软件中的SINTAX模块进行物种鉴定；鉴定的结果用MEGAN进行可视化查看；

所述1)中：

使用BLAST+软件中的makeblastdb命令将已知线粒体基因组构建成线粒体基因组数据库；

样本测序数据与线粒体基因组数据库的比对参数为“-evalue 1e-5–outfmt 6–max_tar get_seqs 5”；

使用BBMap软件中的filterbyname.sh命令提取出线粒体序列；

所述2)中：

使用MITOBim软件分别进行各物种线粒体基因组重组装；

所述3)中：

使用Bowtie2软件将1)中提取的线粒体序列比对到2)中重组装的线粒体基因组上；

使用samtools软件提取比对到2)中重组装线粒体基因组上的序列，提取参数为“samtools view-bF 4”；

所述4)中：

根据只比对到单一物种重组装线粒体基因组的序列数量比值判断样本中各物种重量比例关系。