[发明专利]一种检测牦牛RNA编辑位点的方法及装置

说明书

本发明适用于牦牛基因功能挖掘技术领域，提供了一种检测牦牛RNA编辑位点的方法及装置，该检测方法包括以下步骤：获取待测样品的RNA，并去除待测样品的RNA中的rRNA；将剩余的RNA转录成cDNA，并对cDNA进行高通量测序，获得RNA‑seq数据；根据RNA‑seq数据对待测样品在不同组织和/或不同环境的cDNA基因型进行鉴定，获得待测样品的cDNA基因型和RNA表达量；根据待测样品的cDNA基因型以及待测样品的RNA表达量，确定待测样品的RNA编辑位点，最后通过RNA编辑位点的蛋白编码能力改变鉴定RNA编辑位点的变异能力，确定有效变异的RNA编辑位点。本发明利用表达量对候选位点进行过滤，使结果更加可信，以排除假阳性位点，提高了预测RNA编辑位点的准确性。

技术领域

本发明属于牦牛基因功能挖掘技术领域，尤其涉及一种检测牦牛RNA编辑位点的方法及装置。

背景技术

牦牛是青藏高原独特的大型动物，高原地区人民的生产生活离不开牦牛。因为牦牛独特的高原适应能力，牦牛被称为“高原之舟”，可以适应高海拔、低氧、强紫外线等恶劣的自然环境。通过遗传图谱分析发现，牦牛的基因组与北美野牛亲缘最近，因此推测两个物种最早起源于蒙古和西伯利亚寒冷地区，在地球冰川时期，一支进入青藏高原地区，另一支通过冰冻的白令海峡进入美洲。目前诸多研究表明，牦牛的这种独特的高原适应性在主要来自遗传，也就是脱氧核糖核酸(DeoxyriboNucleic Acid，DNA)和核糖核酸(RibonucleicAcid，RNA)序列中某些特殊基因或者集团。这些基因和集团编码的蛋白构成了多样的生物体，然而深入的基因测序使我们了解到牦牛相对于普通肉牛或者水牛，其基因组结构98％具有相似性，而对于那些差异基因的分析又不能完全解释牦牛独特的生理结构和环境适应性。因此，目前学术界将这些和环境作用的因素归为DNA到RNA的变异。这种变异是由于共同的DNA片段，转录成RNA时，受到某些小RNA的调节，导致转录的RNA出现点突变或者片段突变，这些突变被称为RNA编辑位点(RNA Editing sites，REs)。了解这些REs不仅有助于解释诸多环境和基因互作的关系，还能解释同一个个体不同组织间，功能、结构、发育上的不同，有助于帮助人们了解生物不同组织的发育过程以及功能的特异性。

目前REs的探测主要集中在不同组织的转录组测序技术(RNA-seq)数据分析上，多数方法利用RNA序列与参考基因组比对，通过多个组织或环境下的序列差异找到REs位点，这些方法从原理上解释了REs的发生过程，但是这些方法具有十分高的假阳性，由于测序技术带来的测序错误，会影响RNA-seq数据中许多序列测序的准确性，这就会影响反转录互补脱氧核糖核酸(complementary DNA，cDNA)的准确率。

因此，目前用于检测牦牛中REs的方法存在准确率较低的问题。

发明内容

本发明实施例的目的在于提供一种检测牦牛RNA编辑位点的方法，旨在解决目前用于检测牦牛中REs的方法存在准确率较低的问题。

本发明实施例是这样实现的，一种检测牦牛RNA编辑位点的方法，包括以下步骤：

获取待测样品的RNA，并去除所述待测样品的RNA中的rRNA，获得剩余的RNA；

将所述剩余的RNA转录成cDNA，并对所述cDNA进行高通量测序，获得RNA-seq数据；

基于预设的参考基因组，根据所述RNA-seq数据对所述待测样品在不同组织和/或不同环境的cDNA基因型进行鉴定，获得所述待测样品的cDNA基因型；

基于预设的参考基因组，根据所述RNA-seq数据获取所述待测样品的RNA表达量；

根据所述待测样品的cDNA基因型以及所述待测样品的RNA表达量，确定所述待测样品的RNA编辑位点。

本发明实施例的另一目的在于提供一种检测牦牛RNA编辑位点的装置，其包括：