[发明专利]一种检测牦牛RNA编辑位点的方法及装置

权利要求书

1.一种检测牦牛RNA编辑位点的方法，其特征在于，包括以下步骤：

获取待测样品的RNA，并去除所述待测样品的RNA中的rRNA，获得剩余的RNA；

将所述剩余的RNA转录成cDNA，并对所述cDNA进行高通量测序，获得RNA-seq数据；

基于预设的参考基因组，根据所述RNA-seq数据对所述待测样品在不同组织和/或不同环境的cDNA基因型进行鉴定，获得所述待测样品的cDNA基因型；

基于预设的参考基因组，根据所述RNA-seq数据获取所述待测样品的RNA表达量；

根据所述待测样品的cDNA基因型以及所述待测样品的RNA表达量，确定所述待测样品的RNA编辑位点；

基于预设的基因编译蛋白分析方法，对所述待测样品的RNA编辑位点进行分析，判断所述待测样品的RNA编辑位点是否会影响蛋白翻译，以确定待测样品的有效变异的RNA编辑位点。

2.根据权利要求1所述的一种检测牦牛RNA编辑位点的方法，其特征在于，所述基于预设的参考基因组，根据所述RNA-seq数据对所述待测样品在不同组织和/或不同环境的cDNA基因型进行鉴定，获得所述待测样品的cDNA基因型的步骤，具体包括：

滤除所述RNA-seq数据中的重复序列，获得滤除后的RNA-seq数据；

将所述滤除后的RNA-seq数据中的序列按照染色体顺序进行排列，生成滤除后的基因组；

将所述滤除后的基因组与所述预设的参考基因组进行比对，生成第一比对数据；

根据所述第一对比数据对所述待测样品在不同组织和/或不同环境的cDNA基因型进行鉴定，获得所述待测样品的cDNA基因型。

3.根据权利要求1所述的一种检测牦牛RNA编辑位点的方法，其特征在于，所述基于预设的参考基因组，根据所述RNA-seq数据获取所述待测样品的RNA表达量的步骤，具体包括：

将所述RNA-seq数据中的基因与所述预设的参考基因组进行比对，生成第二比对数据；

根据所述第二比对数据，计算所述待测样品与所述预设的参考基因组的相对表达量；

根据所述待测样品与所述预设的参考基因组的相对表达量，获得所述待测样品的RNA表达量。

4.根据权利要求1所述的一种检测牦牛RNA编辑位点的方法，其特征在于，根据所述待测样品的cDNA基因型以及所述待测样品的RNA表达量，确定所述待测样品的RNA编辑位点的步骤，具体包括：

根据所述待测样品的cDNA基因型，滤除所述待测样品中在不同组织和/或不同环境下具有相同的单核苷酸多态性和/或拷贝数变异的位点以及未知基因型的位点，以总体变异率1％作为阈值筛选候选RNA编辑位点，获得第一RNA编辑位点候选群；

基于预设的阈值，根据所述待测样品的RNA表达量滤除所述待测样品中表达不明确的位点，获得第二RNA编辑位点候选群；

根据所述第一RNA编辑位点候选群以及所述第二RNA编辑位点候选群，确定所述待测样品的RNA编辑位点。

5.一种检测牦牛RNA编辑位点的装置，其特征在于，包括：

数据获取单元，用于获取待测样品的RNA-seq数据；

基因型鉴定单元，用于基于预设的参考基因组，根据所述RNA-seq数据对所述待测样品在不同组织和/或不同环境的cDNA基因型进行鉴定，获得所述待测样品的cDNA基因型；

表达量鉴定单元，用于基于预设的参考基因组，根据所述RNA-seq数据获取所述待测样品的RNA表达量；

位点确定单元，用于根据所述待测样品的cDNA基因型以及所述待测样品的RNA表达量，确定所述待测样品的RNA编辑位点；

位点分析单元，用于基于预设的基因编译蛋白分析方法，对所述待测样品的RNA编辑位点进行分析，判断所述待测样品的RNA编辑位点是否会影响蛋白翻译，以确定待测样品的有效变异的RNA编辑位点。