[发明专利]一种高通量测序文库构建的DNA转化效率的检测方法

说明书

本发明涉及高通量测序技术领域，具体涉及一种高通量测序文库构建的DNA转化效率的检测方法。本发明利用用于模拟真实样品末端情况的模拟DNA模板构建文库，利用毛细管电泳检测文库中DNA片段的分布情况，根据所述DNA片段分布情况分析两端连接接头的DNA片段在所述文库中所占比例，分析文库构建过程的DNA转化效率。与传统的定量PCR方法相比，该方法具有操作简单、快速、可同时适用于多种测序平台的优势；同时，该方法具有较高的准确性，可更真实、全面地反映待评价的建库试剂或建库方法的DNA转化效率性能，对于文库构建试剂和方法的筛选以及提高文库构建的质量和效率具有重要意义。

技术领域

本发明涉及高通量测序技术领域，具体涉及一种高通量测序文库构建的DNA转化效率的检测方法。

背景技术

文库构建是二代测序过程中的核心步骤之一。文库构建过程包括末端补平、磷酸化、末端加A、接头连接和PCR扩增等过程。其中，末端补平、磷酸化、末端加A和接头连接效率的高低决定了原始模板转化为两端都连接上接头的DNA片段的效率(即DNA转化效率)的高低。文库构建过程的DNA转化效率是反映建库试剂和建库方法优劣的重要指标，是筛选建库试剂和建库方法的关键考虑因素。

目前，在检测文库构建过程中的DNA转化效率时，需要对DNA模板中的DNA分子和构建文库中两端都连接上接头的DNA分子分别进行定量。对于DNA模板和两端连接上接头的DNA片段进行定量，通常使用定量PCR的方法，利用该方法检测文库构建过程中的DNA转化效率存在以下缺点：(1)需要针对原始DNA模板和两端都连接接头的DNA片段分别建立两个标准曲线，过程繁琐；(2)通过定量PCR进行DNA定量时，耗时较长；(3)由于不同测序平台所使用的接头序列不同，需要准备多种定量PCR引物配合不同测序平台使用；(4)受接头序列的影响，连接接头后的DNA分子进行定量PCR时很容易出现非特异扩增，导致定量不准确；(5)接头二聚体的残留会明显降低DNA转化效率检测的准确性。因此，开发快速、便捷、准确性较高的DNA转化效率的检测方法具有重要意义。

发明内容

为了解决现有技术中存在的技术问题，本发明的目的是提供一种高通量测序文库构建的DNA转化效率的检测方法。

为实现上述目的，本发明采用毛细管电泳技术区分两端连接接头和未连接接头的DNA片段，定量检测文库中DNA片段长度分布情况；在测序实践中，DNA样品需要先进行片段化处理，经片段化处理的DNA样品会产生不同类型的DNA片段，本发明在研发过程中发现在检测DNA转化效率时，由于不同类型的DNA片段在DNA修复过程以及与接头的连接效率不同，导致用于评价DNA转化效率的DNA模板类型极大地影响DNA转化效率评价的准确性，因此，本发明进一步针对毛细管电泳技术特点以及真实测序过程中片段化DNA样品的特点，设计了能够高效模拟真实的片段化DNA模板样品的各种末端情况的模拟DNA模板，将该模拟DNA模板进行文库构建后，再利用毛细管电泳检测文库中不同DNA片段的含量，进而开发了可用于建库试剂和建库方法筛选等建库优化过程的DNA转化效率检测方法。

具体地，本发明的技术方案如下：

本发明提供一种高通量测序文库构建的DNA转化效率的检测方法，利用用于模拟真实样品末端情况的模拟DNA模板进行文库构建，利用毛细管电泳检测所述文库中DNA片段的分布情况，根据所述DNA片段的分布情况分析两端连接接头的DNA片段在所述文库中所占比例。

具体地，所述模拟DNA模板包括目的序列以及位于目的序列两侧的侧翼序列。通过在目的序列的两侧引入侧翼序列，可更加便于确定合成的模拟DNA模板的准确性。优选地，所述侧翼序列的长度为50～150bp。

为能够更真实地反映文库构建过程中DNA转化效率的高低，所述目的序列优选为末端碱基平衡的序列。上述目的序列的选择可更有利于排除其他因素影响DNA转化效率。

所述末端碱基平衡是指末端为A、T、G和C的DNA片段在所述模拟DNA模板中的含量相等。