[发明专利]lncRNA SOX2-OT的筛选方法及其应用

说明书

一种lncRNA SOX2‑OT的筛选方法及其应用，涉及肺癌预后预测技术领域。本发明所述lncRNA SOX2‑OT的核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示。本发明所述lncRNA SOX2‑OT既与C.pn感染的肺癌特异相关且在肺癌组织中稳定表达，基于肺癌癌组织和癌旁组织lncRNA SOX2‑OT的表达量对肺癌预后进行预测，精准化程度高，结论可靠，科学性好。

技术领域

本发明属于肺癌预后预测技术领域，具体涉及lncRNA SOX2-OT的筛选方法及其应用。

背景技术

慢性感染与炎症可能是肿瘤的危险因素，目前已有研究证实慢性感染是肿瘤发生有关。近年来有研究发现肺炎衣原体(C.pn)感染与肺癌发生发展有关，但有关其于肺癌发生发展中的分子机制研究较少。有研究证明：长链非编码RNA(long non-coding RNA，lncRNA)可以通过直接或间接的方式调控蛋白编码基因，在肺癌形成过程中发挥癌基因或抑癌基因的作用，可作为肺癌早期诊断和预后的中较为有意义的生物标记物，但lncRNA在C.pn 感染的肺癌患者中的表达情况以及其对生存期的影响尚不清楚。

使用TNM分期预测肺癌患者预后精准化程度低，预测肺癌患者预后价值不显著。目前，TNM分期是唯一在临床实践中用于指导治疗决策和预测癌患者预后的公认分期系统，但同一种TNM分期的患者可能预后完全不同。此外，虽然TNM分期的版本一直在不断更新中，但预后值并没有显著增加。因此寻找更加稳定可靠的预后因素，有助于更精确地预测肺癌患者的预后。

发明内容

有鉴于此，本发明的目的在于提供一种lncRNA SOX2-OT的筛选方法及其应用，lncRNASOX2-OT在肺癌癌组织和癌旁组织中特异差异表达，精准化程度高，科学性好。

为了实现上述发明目的，本发明提供以下技术方案：

本发明提供了肺炎衣原体感染标记物lncRNA SOX2-OT的筛选方法，包括以下步骤：(1)提取肺炎衣原体感染阳性和阴性的癌组织和癌旁组织中总 RNA；

(2)比较肺炎衣原体感染阳性的癌组织、癌旁组织和肺炎衣原体感染阴性的癌组织和癌旁组织之间的lncRNA的表达差异，筛选与肺炎衣原体感染阳性肺癌患者特异相关的lncRNAs；

(3)利用TCGA数据库肺癌患者的RNA测序数据中差异表达的lncRNA对步骤(2)所述lncRNAs进行验证，进行生存分析，筛选出在肺癌患者中高频表达且与肺炎衣原体感染的肺癌患者预后相关lncRNAs；

(4)采用实时荧光定量PCR检测检测步骤(3)筛选出来的所述lncRNAs 在肺炎衣原体感染阳性、肺炎衣原体感染阴性的癌组织及癌旁组织中的表达水平，通过Kaplan-Meier生存曲线及COX比例风险回归模型分析步骤(3) 筛选出来的所述lncRNAs的表达量与肺炎衣原体感染总生存和无病生存的关系，得肺炎衣原体感染标记物lncRNA SOX2-OT。

优选的，在步骤(1)中，采用微量免疫荧光实验检测原发性肺癌患者血清中肺炎衣原体的特异性抗体IgG和IgA，待检标本出现中度到强烈的苹果绿荧光显色为肺炎衣原体感染阳性，出现无荧光显色或黑暗背景为肺炎衣原体感染阴性。

优选的，在步骤(2)中，利用lncRNA基因芯片技术和GeneSpring GX 软件分别比较肺炎衣原体感染阳性的癌组织、癌旁组织和肺炎衣原体感染阴性的癌组织和癌旁组织之间的lncRNA的表达差异。

本发明还提供了利用上述筛选方法筛选得到的lncRNA SOX2-OT在制备肺癌预后预测试剂中的应用，所述lncRNA SOX2-OT的核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示。

优选的，所述肺癌由肺炎衣原体感染引起。