[发明专利]检测拷贝数扩增的方法和装置及建立检测拷贝数扩增的动态基线的方法和装置

说明书

本发明提供了一种检测拷贝数扩增的方法和装置及建立检测拷贝数扩增的动态基线的方法和装置。建立动态基线的方法包括：利用同一批次多个样本各自的测序数据检测得到各样本对应的拷贝数V0；根据各样本对应的拷贝数V0，确定阳性样本和极值样本；从同一批次多个样本中去除阳性样本和极值样本，得到阴性样本；利用阴性样本的测序数据建立同一批次多个样本的批次参考基线，记为动态基线。该动态基线因采用同批次样本构建所得，故能去除上游实验、操作误差对于基线的影响，进而避免了测序批次、实验操作、实验试剂改变造成的基线误差问题，从而准确确定样本的拷贝数，进而利于准确检测其扩增状态，避免了对样本错检或漏检的现象。

技术领域

本发明涉及高通量测序技术领域，具体而言，涉及一种检测拷贝数扩增的方法和装置及建立检测拷贝数扩增的动态基线的方法和装置。

背景技术

在二代测序的临床实践中，检测拷贝数扩增是一项重要的内容。即事先使用白细胞样本(20-30例左右)建立基线，然后对肿瘤样本进行拷贝数变异的检测。然而，由于基线更新常常跟不上人员、实验流程以及试剂的变更导致发生样本错检和漏检。

然而，目前对于这一状况尚无有效的解决方案。

发明内容

本发明的主要目的在于提供一种检测拷贝数扩增的方法和装置及建立检测拷贝数扩增的动态基线的方法和装置，以解决现有技术中的基线在拷贝数扩增检测时检测的拷贝数不准确而导致样本错检或漏检的问题。

为了实现上述目的，根据本发明的一个方面，提供了一种建立拷贝数扩增检测的动态基线的方法，该方法包括：利用同一批次多个样本各自的测序数据检测得到各样本对应的拷贝数V0；根据各样本对应的拷贝数V0，确定阳性样本和极值样本；从同一批次多个样本中去除阳性样本和极值样本，得到阴性样本；利用阴性样本的测序数据建立同一批次多个样本的批次参考基线，记为动态基线。

进一步地，利用同一批次多个样本各自的测序数据检测得到各样本对应的拷贝数V0包括：获取同一批次多个样本各自的测序数据，统计各样本的平均覆盖深度；将各样本的平均覆盖深度与静态基线相比，从而检测得到各样本对应的拷贝数V0；其中，静态基线由检测同一批次的多个样本之前的阴性样本建立而成。

进一步地，根据各样本对应的拷贝数V0，确定阳性样本和极值样本包括：根据各样本对应的拷贝数V0，将拷贝数V0满足第一阈值或第二阈值的样本确定为极值样本；将拷贝数V0满足第三阈值的样本确定为阳性样本；优选地，第一阈值为大于10的数值，第二阈值为小于0.4的数值，第三阈值为大于4的数值。

进一步地，利用阴性样本的测序数据建立同一批次多个样本的批次参考基线，记为动态基线包括：利用多个阴性样本各自的测序数据，统计各阴性样本对应的各目标区域的覆盖深度；对各目标区域的覆盖深度进行均一化，得到各目标区域的区域覆盖深度；对各目标区域的区域覆盖深度进行GC矫正，得到各目标区域的矫正区域覆盖深度；对多个阴性样本的各目标区域的矫正区域覆盖深度取平均值，得到各目标区域的区域平均覆盖深度，记为动态基线；优选地，均一化是指将各目标区域的覆盖深度除以多个阴性样本在目标区域的覆盖深度的中位数；优选地，对各目标区域的区域覆盖深度采用LOESS算法进行GC矫正。

为了实现上述目的，根据本发明的第二个方面，提供了一种检测拷贝数扩增的方法，该方法包括：获取同一批次多个样本的测序数据，利用上述任一种方法建立建立检测拷贝数扩增的动态基线；利用动态基线对同一批次中任一样本进行拷贝数扩增检测，得到拷贝数V1。

根据本发明的第三个方面，提供了一种建立拷贝数扩增检测的动态基线的装置，该装置包括：V0获取模块，用于利用同一批次多个样本各自的测序数据检测得到各样本对应的拷贝数V0；确定模块，用于根据各样本对应的拷贝数V0，确定阳性样本和极值样本；去除模块，用于从同一批次多个样本中去除阳性样本和极值样本，得到阴性样本；动态基线建立模块，用于利用阴性样本的测序数据建立同一批次多个样本的批次参考基线，记为动态基线。