[发明专利]山羊ZBP1基因第一内含子内与产羔数关联的单倍型标记及其应用

说明书

本发明提供了山羊ZBP1基因第一内含子内与产羔数关联的单倍型标记，位于山羊ZBP1基因的第一内含子中，其核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示，在该序列的第249bp处存在一处CT碱基突变、在第852bp处存在一个CT碱基突变、在第1777bp处存在一个GA碱基突变、在第2463bp处存在一个CT碱基突变；本发明还提供了山羊ZBP1基因与产羔数性状关联的SNP检测试剂盒，包括如SEQ ID NO.6～13所示的引物对；如SEQ ID NO.14～17所示的SNaPshot单碱基延伸引物。本发明为山羊产羔数性状的分子标记辅助育种提供了由4个SNP位点组成的新的单倍型分子育种标记。

技术领域

本发明涉及山羊分子标记筛选技术领域，尤其涉及山羊ZBP1基因第一内含子内与产羔数关联的单倍型标记及其应用。

背景技术

产羔性状是山羊的最重要的经济性状之一。提高每胎的产羔数对于山羊而言是提升生产经济效益的重要措施。应用基因组学方法的研究能在整个基因组的水平去筛选出与山羊重要经济性状相关的候选基因和分子标记，使研究人员能够更深入的理解山羊性状的遗传机理。由于山羊产羔数是低遗传力性状，通过常规的育种方法很难在短期内获得较大遗传进展，随着应用基因组学、分子生物学和分子遗传学理论技术的不断发展，遗传标记技术可以较好的解决这一难题，并能有效的加快山羊产羔数性状的选择进展，可对我国山羊产业的可持续发展将带来巨大的经济效益。

单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)标记指由基因组单核苷酸变异引起的DNA序列多态性，包括碱基转换、颠换、单碱基插入或缺失等，被公认为是最新的第三代DNA分子标记。根据SNP在基因中的位置可分为基因编码区SNP(coding-regionSNP cSNP)、基因周边SNP(perigenic SNP，pSNP)以及基因间SNP(intergenic SNP，iSNP)三类。其中基因编码区的SNP可能导致基因所编码的氨基酸序列发生改变，进而改变蛋白的高级形态，影响基因所编码的蛋白类激素的功能。

SnaPshot技术是一种基于荧光标记单碱基延伸原理的分型技术，也称小测序，主要针对中等通量的SNP分型项目。在一个含有测序酶，四种荧光标记的ddNTP，紧挨多态位点5’端的不同长度延伸引物和PCR产物模板的反应体系中，引物延伸一个碱基即终止，经ABI测序仪电泳后，根据峰的颜色可知掺入的碱基种类，从而确定该样本的基因型，根据峰移动的胶位置确定该延伸产物对应的SNP位点，通常用于5-30个SNP位点分析。

Z-DNA结合蛋白1(Z-DNA Binding Protein 1,ZBP1)基因是一种细胞质传感器，当前研究重要集中在疾病和炎症反应等方面。迄今为止，尚无有关山羊ZBP1基因做为山羊产羔数性状的分子标记的研究的相关报道。

发明内容

本发明的目的在于克服现有技术之缺陷，提供了山羊ZBP1基因第一内含子内与产羔数关联的单倍型标记及其应用，本发明发掘了山羊ZBP1基因第一内含子内与产羔数关联的单倍型标记，为山羊产羔数性状的分子标记辅助育种提供了一种新的单倍型标记。

本发明的目的之一在于提供一种山羊ZBP1基因第一内含子内与产羔数关联的单倍型标记，所述的单倍型标记位于山羊ZBP1基因第一内含子的部分DNA序列中，所述单倍型标记的核苷酸序列如序列表SEQ ID NO.1所示，该序列长度为2463bp；所述单倍型标记包括：

ZBP1 g.352CT位点的分子标记：即在SEQ ID NO.1所示序列中第249bp处存在一处CT碱基突变；

ZBP1 g.955CT位点的分子标记：即在SEQ ID NO.1所示序列中第852bp处存在一处CT碱基突变；

ZBP1 g.1880GA位点的分子标记：即在SEQ ID NO.1所示序列中第1777bp处存在一处GA碱基突变；