[发明专利]基于阻断型链式聚合扩增反应体外快速合成中高拷贝DNA重复序列有效
| 申请号: | 201911265744.5 | 申请日: | 2019-12-11 |
| 公开(公告)号: | CN111575272B | 公开(公告)日: | 2021-09-17 |
| 发明(设计)人: | 杨雪瑞;王鑫 | 申请(专利权)人: | 清华大学 |
| 主分类号: | C12N15/10 | 分类号: | C12N15/10;C12Q1/686 |
| 代理公司: | 中科专利商标代理有限责任公司 11021 | 代理人: | 吴小明 |
| 地址: | 100084*** | 国省代码: | 北京;11 |
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| 摘要: | |||
| 搜索关键词: | 基于 阻断 链式 聚合 扩增 反应 体外 快速 合成 中高 拷贝 dna 重复 序列 | ||
1.一种合成包括重复单元的DNA序列的方法,所述方法包括以下步骤:
1)基于所述重复单元设计和合成延伸引物和阻断引物,其中所述阻断引物与所述重复单元的互补序列的区别在于缺少互补序列的5’端的n个核苷酸,所述延伸引物与所述重复单元的互补序列的区别在于3’端增加了所述n个核苷酸,使得所述延伸引物和所述阻断引物两者当以5’至3’方向串联起来时正好是两个所述重复单元的互补序列,其中n为3至20的整数;和
2)在PCR反应体系中,通过使用所述重复单元、延伸引物和阻断引物进行PCR扩增反应,获得所述包括多个重复单元的DNA序列,
其中所述重复单元的长度为10~100个核苷酸;
其中在PCR反应体系中还包括PEG分子,其分子量为2000~20,000Da并且在PCR反应体系中的浓度为4wt%至20wt%;
其中在PCR反应体系中还包括NaCl,其在PCR反应体系中的使用浓度为20~80mM;并且
其中在PCR反应体系中所述重复单元、延伸引物和阻断引物的摩尔比为1:1-10:1-40。
2.根据权利要求1所述的方法,其中n为4至10的整数。
3.根据权利要求2所述的方法,其中n为4、5、6、7、8、9或10。
4.根据权利要求1所述的方法,其还包括确定获得的DNA序列中所述重复单元的拷贝数的步骤。
5.根据权利要求4所述的方法,其中通过凝胶电泳分析PCR产物的分子量或者通过DNA测序技术来确定获得的DNA序列中所述重复单元的拷贝数。
6.根据权利要求1所述的方法,其中所述PEG分子的分子量为4,000Da、6,000Da或8,000Da。
7.根据权利要求1所述的方法,其中所述PEG分子在PCR反应体系中的浓度为4wt%,8wt%或12wt%。
8.根据权利要求1所述的方法,其中NaCl在PCR反应体系中的使用浓度为30~60mM。
9.根据权利要求1所述的方法,其中在PCR反应体系中所述重复单元、延伸引物和阻断引物的摩尔比为1:1:10。
10.根据权利要求1所述的方法,其中所述PCR扩增反应为两步法PCR或三步法PCR。
11.根据权利要求1至10中任一项所述的方法,其中所述包括重复单元的DNA序列为低度重复序列、中度重复序列或高度重复序列。
12.根据权利要求11所述的方法,其中所述包括重复单元的DNA序列为中度重复序列或高度重复序列。
13.一种用于合成包括重复单元的DNA序列的试剂盒,所述试剂盒包括PCR反应体系,所述PCR反应体系包括用作扩增模板的所述重复单元,延伸引物和阻断引物,其中所述阻断引物与所述重复单元的互补序列的区别在于缺少互补序列的5’端的n个核苷酸,所述延伸引物与所述重复单元的互补序列的区别在于3’端增加了所述n个核苷酸,使得所述延伸引物和所述阻断引物两者当以5’至3’方向串联起来时正好是两个所述重复单元的互补序列,其中n为3至20的整数,
其中所述重复单元的长度为10~100个核苷酸;
其中在PCR反应体系中还包括PEG分子,其分子量为2000~20,000Da并且在PCR反应体系中的浓度为4wt%至20wt%;
其中在PCR反应体系中还包括NaCl,其在PCR反应体系中的使用浓度为20~80mM;并且
其中在PCR反应体系中所述重复单元、延伸引物和阻断引物的摩尔比为1:1-10:1-40。
14.根据权利要求13所述的试剂盒,其中n为4至10的整数。
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