[发明专利]与马寒冷适应性相关的TE标记及其应用

说明书

本发明涉及与马寒冷适应性相关的TE标记及其应用，所述TE标记为位于马第2号染色体第85617679位碱基处的插入缺失，具体为如SEQ ID NO.2所示核苷酸序列的第533bp处的插入缺失，插入缺失的核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示。本发明提供一种与马寒冷适应性相关的TE标记及其应用，该TE标记不受中国家马的年龄、性别等限制，可用于中国家马的早期选育，甚至刚出生即可进行准确地筛选，可显著促进中国家马优势适应寒冷性品种的育种进程；同时，根据PCR扩增反应的结果即可分辨出该TE标记的多态性，方法简便。该TE标记的检出为中国家马的寒冷适应性的标记辅助选择提供了科学依据。

技术领域

本发明属于遗传生物学领域，具体涉及与马寒冷适应性相关的TE标记及其应用。

背景技术

TE(transposable elements)转座子元件多态性位点主要是指即一段DNA序列能够插入到基因组一个地方，是一段可移动的DNA，由于位置和类型的改变所引起的DNA片段的多态性。TE的多态性仅涉及到长片段的变异，表现的形式有插入、缺失、移位和倒位等。

TE的检测方法，目前常用的包括，sanger测序、DNA芯片以及最新的高通量二代测序等技术。TE作为遗传标记已经广泛地应用于基因定位、克隆、遗传育种以及遗传多样性等研究领域。早期TE被认为是基因组上的“垃圾”或有害寄生物序列，随着研究的深入，研究者发现转座子在生物发育过程中起着至关重要的作用，比如转座子LINE1是胚胎发育初始阶段的关键调控因子；转座子ERE1在MSTN上游的插入影响了马匹的奔跑性能。

EDNRA内皮素受体A型基因，内皮素受体被发现广泛地表达于动物的心血管系统、神经系统和胃肠道之中，与细胞增殖、血管收缩舒张、胃肠道动力和腺体分泌等有密切的关系。

动物适应性关系到动物的对内对外刺激反应的遗传及生理的变化。遗传的适应性涉及自然选择和人工选择，而生理的适应性则要经过一个或长或短的时期在某个体内部发生的某些变化，生理适应性的概念，可能意指该动物对自身，对其他生活物质，以及对外界物质环境的调节能力和过程。适应性越强，则生存的动物更多和繁殖更多的后。适应性机制的阐明对于品种引进、改良具有重要的意义。为了更好地研究马的适应性关系，有必要开发与其相关的分子标记。

发明内容

为了解决现有技术存在的问题，本发明提供一种与马寒冷适应性相关的TE标记及其应用。

第一方面，本发明的提供一种与中国家马寒冷适应性相关的TE标记，所述TE标记为位于马第2号染色体第85617679位碱基处的插入缺失，插入缺失的具体核苷酸序列如SEQID NO.1所示。

发明人对来自不同地区和品种的中国家马马匹进行了大量的TE多态性与适应性相关性研究，发现一种与家马寒冷适应性显著关联(P＝1.22E^-05)的TE标记，该标记为位于马第2号染色体第85617679的一段转座子元件TE(NC_009145.3:85617163-85618670 Equuscaballus isolate Twilight breed thoroughbred chromosome 2,EquCab3.0,wholegenome shotgun sequence)。TE缺失在北方马中的频率高达91.67％，而在南方马中TE插入频率高达58.33％。该TE标记对于通过基TE多态性区分和筛选出寒冷适应性的中国家马具有较大的指导意义，当马的TE标记类型为缺失时可以判定马匹具有寒冷适应性，当马的TE标记类型为插入为时可以判定马匹具有适应湿热的特性，可以提高家马适应性筛选的准确率和效率。

进一步地，所述TE标记位于如SEQ ID NO.2所示核苷酸序列的第533bp处。

第二方面，本发明提供用于检测上述TE标记的特异性引物对，包括：

正向引物：5’-CTGGACGACATGGGTTGACT-3’；