[发明专利]验证NGS变异检测方法的评估方法及评估装置

说明书

本发明提供了一种NGS变异检测方法的评估方法及评估装置。该评估方法包括：根据感兴趣的多个目标位点，获取多个已知样本的变异相关信息，每个已知样本的变异相关信息包括：样本类型、采样方式及各变异位点的检测结果；根据变异频率和/或变异拷贝数的不同，从多个已知样本的变异相关信息中筛选出满足验证条件的样本，形成验证位点信息文件；获取与验证位点信息文件中对应的各样本的测序数据，形成验证数据集；利用待测NGS变异检测方法对验证数据集进行变异检测，得到检测结果；利用验证位点信息文件对检测结果进行评估，得到评估结果。该方法能有效地、全方位地、快速地对NGS变异检测方法在灵敏度、准确性及特异性方面进行准确评估。

技术领域

本发明涉及基因测序数据分析领域，具体而言，涉及一种NGS变异检测方法的评估方法及评估装置。

背景技术

二代测序技术(Next Generation Sequencing，NGS)因可以单一测定中准确地检测所有治疗相关癌种基因组改变，成功地应用于研究癌种基因组的研究，成为一种有吸引力的临床检测技术。

然而，在临床环境中采用这种技术作为支持癌症患者治疗选择的常规测试，面临着多重挑战。首先，样本类型的复杂性，如FFPE样本，cfDNA样本等；其次，标本的采集方法，如活检或穿刺；第三，标本中的肿瘤含量。这些挑战均会影响到NGS变异检测方法的检测结果。

因此，如何评估不同NGS变异检测方法是否准确，现有技术中尚无有效的解决方案。

发明内容

本发明的主要目的在于提供一种NGS变异检测方法的评估方法及评估装置，以解决现有技术中无法有效评估检测方法是否准确的问题。

为了实现上述目的，根据本发明的一个方面，提供了一种NGS变异检测方法的评估方法，该评估方法包括：根据感兴趣的多个目标位点，获取多个已知样本的变异相关信息，每个已知样本的变异相关信息包括：样本类型、采样方式及各变异位点的检测结果；根据变异频率和/或变异拷贝数的不同，从多个已知样本的变异相关信息中筛选出满足验证条件的样本，形成验证位点信息文件；获取与验证位点信息文件中对应的各样本的测序数据，形成验证数据集；利用待测NGS变异检测方法对验证数据集进行变异检测，得到检测结果；利用验证位点信息文件对检测结果进行评估，得到评估结果。

进一步地，根据变异频率的不同，从多个已知样本的变异相关信息中筛选出满足验证条件的样本包括：根据各变异位点的变异频率，将多个已知样本划分到多个不同的变异频率范围；筛选各变异频率范围内满足如下验证条件的样本，形成验证位点信息文件：a.各变异频率范围至少包含1个目标位点；b.各变异频率范围内的变异位点涵盖所有样本类型及所有采样方式；c.每个变异频率范围选取5-10个变异位点。

进一步地，多个变异频率范围包括0.1％-0.5％、0.5％-1％、1％-5％、5％-20％、20-50％及50-100％。

进一步地，样本类型包括：FFPE样本，cfDNA样本、新鲜组织样本及血细胞样本中的任意一种；采样方式包括活检或穿刺。

进一步地，获取与验证位点信息文件中对应的各样本的测序数据，形成验证数据集包括：根据验证位点信息文件中对应的各变异位点所在的染色体位置，提取各变异位点在对应区域内的bam文件数据；选取健康人的白细胞数据作为基础bam文件数据，过滤基础bam文件数据中与多个目标位点对应的区域的bam文件数据，得到过滤bam文件数据；将过滤bam文件数据与各变异位点在对应区域内的bam文件数据进行整合，得到验证数据集。