[发明专利]用于小麦外显子测序基因定位的探针设计方法及定位方法

权利要求书

1.一种用于小麦外显子测序基因定位的探针设计方法，其特征在于，包括如下步骤：

步骤一、通过大规模转录组测序数据选取不同的组织、环境、发育的数据，再通过高通量测序平台进行测序，得到测序数据待用；

步骤二、通过STAR软件对测序数据与比对参考基因组进行比对分析，再通过stringtie软件进行转录本拼接，保留基因表达量TPM≥2的转录本待用；

步骤三、将步骤二中的转录本与IWGSC CS Annotation转录本进行合并，得到合并后的转录本待用；

步骤四、通过TransDecoder函数对步骤三中合并后的转录本进行ORF预测，再通过bedtools软件合并ORF预测出的CDS区域，再使用kmer算法扫描合并后的CDS序列，去掉重复区域的序列，得到筛选的序列；

步骤五、将步骤四中筛选的序列进行高密度探针合成，即得用于小麦外显子测序基因定位的探针。

2.根据权利要求1所述的一种用于小麦外显子测序基因定位的探针设计方法，其特征在于：所述高通量测序平台为二代Illumina或华大BIGseq。

3.根据权利要求1所述的一种用于小麦外显子测序基因定位的探针设计方法，其特征在于：所述用于小麦外显子测序基因定位的探针为多重高密度磁珠探针。

4.根据权利要求1所述的一种用于小麦外显子测序基因定位的探针设计方法，其特征在于：所述比对参考基因组为IWGSC RefSeq。

5.一种小麦外显子测序基因定位方法，其特征在于，包括如下步骤：

S1、将小麦DNA打断成200-300bp长度的片段，再通过高通量测序文库构建DNA测序预文库；

S2、再将打断后的小麦DNA与权利要求1～4任一项所述的探针进行杂交，再对磁珠进行富集从而获得与探针杂交的小麦DNA序列，再使用洗脱液洗脱后得到小麦外显子DNA序列待用；

S3、将S2步骤中小麦外显子DNA序列进行高通量测序，对测序获得的数据使用标准分析流程进行变异检测，再通过统计方法进行定位即可。

6.根据权利要求5所述的一种小麦外显子测序基因定位方法，其特征在于：所述小麦DNA的制备过程为：将小麦自然杂交，突变体材料与亲本杂交，突变体材料与多样性亲本杂交后分别获得F2和F3分离群体，再将两个极端表型分别取10～50株，每个极端表型再取对应的根茎叶组织混合提取DNA，再将两个极端表型的DNA等量混合，即得小麦DNA。

7.根据权利要求6所述一种小麦外显子测序基因定位方法，其特征在于：每个所述极端表型在提取DNA的过程中选取10～50株。

8.根据权利要求5所述一种小麦外显子测序基因定位方法，其特征在于：所述统计方法为滑动窗口期望方差、滑动窗口T检验、滑动窗口Fisher精确检验或SNP-index。