[发明专利]一种快速检测山羊ADIPOQ基因SNP的方法及专用试剂盒

说明书

本发明公开了一种快速检测山羊ADIPOQ基因SNP的方法及专用试剂盒。以山羊全基因组DNA为模板，PCR扩增山羊ADIPOQ基因部分片段；PCR产物经限制性内切酶AvaII消化后，进行琼脂糖凝胶电泳；根据电泳结果鉴定山羊ADIPOQ基因14059C>T的单核苷酸多态性位点的基因型。本发明针对山羊ADIPOQ基因的单核苷酸多态性位点，可以在DNA水平上检测与山羊体斜长和体高密切相关的分子标记，从而用于山羊的辅助选择和分子育种，加快山羊良种繁育速度。

技术领域

本发明属于分子遗传学领域，涉及山羊基因单核苷酸多态性(SNP)作为分子遗传标记的检测，特别涉及一种山羊ADIPOQ基因SNP的分型方法及应用。

背景技术

作为第三代分子标记，SNP标记在分子遗传学、药物遗传学、法医学等方面发挥着重要作用。单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)，即基因组中单个核苷酸的突变而引起的DNA序列的多态性，它以单个碱基的颠换、转换、插入和缺失等形式存在。根据SNP在基因中的位置，SNP可分为基因编码区SNP(coding SNP，cSNP)、基因周边SNP(peripheral SNP,pSNP)，以及基因间SNP(intronic SNP,iSNP)三类。从对生物的遗传性状的影响上来看，cSNP又可分为两种：一种是同义cSNP(synonymous cSNP)，即SNP引起的编码序列的改变并不影响其翻译的蛋白质的氨基酸序列，突变碱基与未突变碱基的含义相同；另一种是非同义cSNP(non-synonymous cSNP)，指碱基序列的改变可使以其为蓝本翻译的蛋白质序列发生改变，从而影响了蛋白质的功能，这种改变通常是导致生物性状改变的直接原因。

目前SNP的检测方法大致可以分为两类：一类是以单链构象多态性(SSCP)、变性梯度凝胶电泳(DDGE)、酶切扩增多态性序列(CAPS)、等位基因特异性PCR(allele-specificPCR,AS-PCR)等为代表的以凝胶电泳为基础的检测方法；另一类是以直接测序、DNA芯片、变性高效液相色谱(DHPLC)、质谱检测技术、高分辨率溶解曲线(HRM)等为代表的高通量、自动化程度较高的检测方法。而PCR-RFLP(限制性片段长度多态性聚合酶链反应)法是一种准确而又操作简便的方法，也是目前通用的鉴别SNP位点的基因型的方法，其主要利用限制性内切酶对扩增目的片段进行切割，然后进行凝胶电泳，并分析基因型信息。PCR-RFLP解决了传统的PCR-SSCP方法对DNA序列变异不能精确定位、对实验条件要求严格的问题，同时将PCR与RFLP相结合，也避免了RFLP检测周期长、成本额高昂、不适于大规模分子育种等缺陷。

脂联素(ADIPOQ)是一种脂肪细胞因子，最初认为脂联素蛋白只在脂肪组织中表达，但后续研究发现在骨骼肌、大脑、肝脏、血管内皮等组织中也有表达。脂联素参与葡萄糖和脂肪代谢、调节能量稳态、改善胰岛素抵抗及减缓氧化应激等生理过程。Scherer等首先在小鼠3T3-L脂肪细胞mRNA反转录为cDNA后的测序过程中发现了该基因。进一步研究发现小鼠脂联素基因位于16号染色体的B3-B4，全长约20Kb。目前，国内外对ADIPOQ基因的研究多集中在多态性检测、序列分析和组织表达上，且研究对象多为鹅、鸭、牛等，对山羊的研究较少。

发明内容

本发明的目的在于提供一种快速检测山羊ADIPOQ基因SNP的方法及专用试剂盒，从而加快良种选育速度。

为达到上述目的，本发明采用了以下技术方案：

一种检测山羊ADIPOQ基因单核苷酸多态性的方法，包括以下步骤：

以待测山羊个体的全基因组DNA为模板，以引物对P为引物，通过PCR扩增ADIPOQ基因的部分片段，将扩增产物经限制性内切酶AvaII酶切后进行琼脂糖凝胶电泳，根据电泳结果鉴定山羊个体ADIPOQ基因的单核苷酸多态性位点的基因型；所述山羊ADIPOQ基因单核苷酸多态性位点为山羊ADIPOQ基因参考基因组序列NC_030808.1的14059C>T单核苷酸突变位点。