[发明专利]一种用于鉴定甘蔗中斑茅血缘的SSR引物组、试剂盒及其应用

说明书

本发明公开了一种用于鉴定甘蔗中斑茅血缘的SSR引物组、试剂盒及其应用。所述引物组包括10对SSR标记引物SSR1～SSR10。所述检测试剂盒包含SSR引物组和PCR试剂。本申请所述的SSR1～SSR10引物对是一套自主开发的具备斑茅特异性的SSR标记的引物，这套SSR标记的特点是平均分布于斑茅的一套染色体组上，以这套标记的一对或几对引物扩增，只要出现了斑茅特异性条带即可判断为存在斑茅血缘。利用这套标记进行鉴定可以避免斑茅后代染色体丢失后由于标记失效而无法检出斑茅血缘的问题，因此这套标记特别适合甘蔗与斑茅杂交高代材料的鉴定。

技术领域

本发明属于生物技术领域，具体涉及一种用于鉴定甘蔗中斑茅血缘的SSR引物组、试剂盒及其应用。

背景技术

甘蔗是我国重要的糖能兼用作物，我国85％以上的糖来源于甘蔗，培育高产、高糖、抗逆性强的甘蔗品种，对甘蔗产业具有重要作用。甘蔗的育种也称为高贵化育种，通过野生资源与热带种杂交，再多代回交，以提高甘蔗品种的适应性、抗逆性，宿根性等特性。但由于当前可用的亲本材料少，品种面临遗传背景狭窄，品种的适应性、抗逆性、宿根性等性能下降的问题。斑茅具有抗逆性强、宿根性强、分蘖多、耐贫瘠等优异的特点，是改良甘蔗品种的优异材料。目前通过远缘杂交的方法已经成功的将斑茅野生种导入到甘蔗背景中，并得到了大量甘蔗与斑茅的杂交后代，部分优异品系已经应用于甘蔗的杂交育种。然而甘蔗与斑茅杂交后代的遗传规律复杂，染色体随着回交代数的增加而减少，研究显示甘蔗与斑茅杂交高代材料中几乎每代丢失1/2斑茅染色体，这样高水平的丢失直接影响斑茅血缘的检测。

目前，鉴定甘蔗与斑茅的杂交后代是否含有斑茅血缘的方法主要有基因组原位杂交技术(genomic in situ hybridization,GISH)和分子标记技术。这两种方法中，利用GISH技术对杂交后代进行鉴定需要的周期长、技术难度高，通常需要专业人员进行操作，且无法进行早期鉴定。利用分子标记技术进行鉴定，技术难度小，在小苗阶段即可完成鉴定，减少了实际生苗培养的土地、人工等的投入。目前已经有关于利用分子标记进行甘蔗中斑茅血缘鉴定的分子标记技术，如5S rDNA、ITS标记、AELP技术等，但是由于标记的数量较少，这些标记存在于个别染色体上，如果染色体丢失会造成标记失效，无法有效地检测丢失该染色体的杂交后代。

CN1566362 A公开了甘蔗斑茅杂种的DNA鉴定方法，包括甘蔗、斑茅基因组DNA提取、试剂配制、扩增和电泳检测。所述鉴定方法能从DNA分子水平上获得最直接的杂种证据，具有准确、直观、便捷的特点，鉴定速度快，环境影响因素小，鉴定的准确率高，成功地解决了长期以来甘蔗斑茅杂种鉴定的困难，确保了被鉴定杂种的真实性，提高了育种利用的有效性。然而，由于其仅选用两条引物进行标记，标记范围有限，并不能避免甘蔗与斑茅杂交后，斑茅后代染色体丢失后标记失效而无法检出斑茅血缘的问题。

因此，开发更多斑茅特异性的标记，特别是能均匀分布于一整套染色体上的标记，是高代材料中斑茅血缘鉴定过程的关键所在。

发明内容

本申请的首要目的在于提供一种用于鉴定甘蔗中斑茅血缘的SSR引物组。

本发明的另一目的在于提供一种用于鉴定甘蔗中斑茅血缘的试剂盒。

本发明的再一目的在于提供上述用于鉴定甘蔗中斑茅血缘的SSR引物组以及试剂盒的应用。

本发明的上述目的，通过以下技术方案予以实现：

一种用于鉴定甘蔗中斑茅血缘的SSR引物组，包括10组引物对，具体序列如下：

(1)引物对SSR1

F1：5’-GCGTAGAATCTGTCGGCACT-3’(Tm＝60.43℃)；

R1：5’-CAACGCGTAATTTCCATGTG-3’(Tm＝59.99℃)；

(2)引物对SSR2