[发明专利]一种测序方法在审
申请号: | 201910965383.9 | 申请日: | 2019-10-11 |
公开(公告)号: | CN110804653A | 公开(公告)日: | 2020-02-18 |
发明(设计)人: | 闫哲;吴东平;孙鹏;景奉香 | 申请(专利权)人: | 上海小海龟科技有限公司 |
主分类号: | C12Q1/6869 | 分类号: | C12Q1/6869 |
代理公司: | 上海晨皓知识产权代理事务所(普通合伙) 31260 | 代理人: | 成丽杰 |
地址: | 200439 上海市宝山区一*** | 国省代码: | 上海;31 |
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摘要: | |||
搜索关键词: | 一种 方法 | ||
1.一种测序方法,其特征在于,包括:
提供测序芯片以及位于所述测序芯片上的开口限定层,所述开口限定层内具有至少一个开口,所述开口下方设置有检测模块,且所述开口的侧壁上修饰有至少一种核酸接头;
在待测核酸分子上修饰与所述核酸接头碱基互补配对的核酸序列;
向所述开口内加入扩增反应液及所述待测核酸分子,所述待测核酸分子在所述开口内的所述核酸接头处进行核酸扩增反应流程;
在所述核酸扩增反应流程之后,依次向所述开口内加入预设种类的核苷酸,且基于所述核苷酸的种类以及所述检测模块的检测结果,测定所述待测核酸分子的核酸序列。
2.根据权利要求1所述的测序方法,其特征在于,所述开口限定层内具有至少两个开口,所述至少两个开口构成一个开口阵列。
3.根据权利要求1或2所述的测序方法,其特征在于,所述依次向所述开口内加入预设种类的核苷酸,且基于所述核苷酸的种类以及所述检测模块的检测结果,测定所述待测核酸分子的核酸序列,具体包括:
确定不同种类的核苷酸加入所述开口的顺序;
按所述不同种类的核苷酸加入所述开口的顺序每次通入一种核苷酸,根据所述检测模块的检测结果,测定所述待测核酸分子在该位点的核酸序列;
在测定所述待测核酸分子在该位点的核酸序列后,重新按所述不同种类的核苷酸加入所述开口的顺序每次通入一种核苷酸,根据所述检测模块的检测结果,测定所述待测核酸分子所有位点的核酸序列。
4.根据权利要求3所述的测序方法,其特征在于,所述测定所述待测核酸分子所有位点的核酸序列,具体包括:
将至少两个所述开口的待测核酸分子片段的核酸序列进行数据拼接,得到所述待测核酸分子的核酸序列。
5.根据权利要求1所述的测序方法,其特征在于,所述向所述开口内加入扩增反应液及待测核酸分子,所述待测核酸分子在所述核酸接头处进行核酸扩增反应流程,具体包括:
向所述开口内加入扩增反应液,直至所述扩增反应液覆盖所述开口限定层顶部;
所述待测核酸分子在所述开口内的所述核酸接头处完成核酸扩增反应流程;
所述核酸扩增反应流程包括:向所述开口中加入第一类聚合酶和四种脱氧核糖核苷酸;
对所述测序芯片及所述开口限定层进行热处理。
6.根据权利要求5所述的测序方法,其特征在于,向所述开口内加入扩增反应液,直至所述扩增反应液覆盖所述开口限定层顶部后,进行所述扩增步骤之前,还包括:
向所述开口上方通入替换液,置换掉高于所述开口限定层的顶部的所述扩增反应液。
7.根据权利要求6所述的测序方法,其特征在于,所述替换液与所述扩增反应液互不相溶。
8.根据权利要求5所述的测序方法,其特征在于,所述热处理包括:程序性升温和降温处理或恒温加热处理。
9.根据权利要求1所述的测序方法,其特征在于,所述核酸接头的种类为一种,所述待测核酸分子的一端与所述核酸接头通过碱基互补配对连接。
10.根据权利要求1所述的测序方法,其特征在于,所述核酸接头的种类为多种,所述待测核酸分子的两端分别与两种不同的所述核酸接头通过碱基互补配对连接形成桥状结构。
11.根据权利要求1所述的测序方法,其特征在于,所述检测模块的检测结果,具体包括:
所述检测模块通过检测氢离子的信号变化,测定所述待测核酸分子的核酸序列;其中,所述氢离子为核苷酸结合所释放的氢离子。
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