[发明专利]一种石蜡切片组织RNA分析方法

说明书

本发明提供了一种石蜡切片组织RNA分析方法，所述分析方法包括以下步骤：对石蜡切片组织进行DNA降解，提取样本RNA；制备石蜡切片样本核酸文库，并对样本RNA进行测序；对测序得到的样本数据进行质控；将质控后的样本数据与参考基因组进行比对，并对比对结果进行质控；再对比对结果质控后的样本数据进行转录组组装和转录本定量，对基因表达进行定量分析、基因差异表达分析以及融合基因分析。本发明提供了一种完整地评估石蜡切片组织RNA质量的指标及检测方法，能够对石蜡切片组织RNA进行综合评估，评估结果准确有效，为后续分析的准确性提供了有效的参考依据。

技术领域

本发明属于二代高通量测序分析领域，具体涉及一种石蜡切片组织RNA分析方法。

背景技术

RNA测序(RNA-seq)是一种定量基因表达的灵敏和准确的方法。二代高通量测序(NGS)为RNA-seq转录组分析开创了新纪元。RNA-seq的广谱应用流程的设计涉及到测序技术、样品类型、基因组的需求分析及其计算资源。分析流程要根据准确性、计算速度及其分析的耗费来评估。

肿瘤样本的基因表达谱是一个强有力的识别预后和预测的生物标志物。迄今为止，人们已经对大量的癌症冷冻组织样本进行转录谱分析。但由于长期随访临床病人肿瘤样本的新鲜冷冻组织不易收集和存储，因此福尔马林固定石蜡包埋组织(FFPE)是医学领域更广泛使用的生物材料。肿瘤样本的全基因组基因表达谱分析对于癌症研究不可或缺，并且也有助于进行广泛的回顾性临床基因组研究。FFPE要经固定、石蜡包埋、切片及染色等步骤以免细胞组织降解，这些制备工艺和储存对DNA和RNA质量有着显著的负面影响。FFPE样品一般存在严重降解、化学修饰、核酸和蛋白质的交联以及组织处理和加工的变异性，这些分子变化将会直接影响数据质量，带来几大困扰，如样本降解导致测序数据比对质量较低，产生较多的软剪切序列，产生较多的重复序列、甲醛固定导致核酸随机产生C-T转化，这些使得FFPE分离的核酸与下游高通量分子技术不兼容。除了可以加深测序深度来补充核酸降解的问题，急需要一个完整的评估石蜡组织RNA质量的指标及检测方法，以确保后续分析的可靠性。同时还需一套完整的石蜡切片RNA分析流程能研究生物体在不同的环境下，或者不同生理状态下的基因表达量之间的差异，从而能够了解身体的反应机制以及构建细胞内的调节网络。同时由于染色体易位或者反向剪切使得两个基因的全部或部分串联起来构成的融合新基因对于研究各种癌症类型的起因和发展发挥重要作用。

发明内容

为了解决上述技术问题，本发明提供一种石蜡切片组织RNA分析方法。

一种石蜡切片组织RNA分析方法，所述分析方法包括以下步骤：

对石蜡切片组织进行DNA降解，提取样本RNA；

制备石蜡切片样本核酸文库，并基于所述文库，对所述样本RNA进行测序；

对测序得到的所述样本数据进行质控，去除掉rRNA数据；

将质控后的样本数据与参考基因组进行比对，并对所述比对结果进行质控；

所述质控后的样本数据进行转录组组装和转录本定量，对基因表达进行定量分析；

基于所述转录本定量结果，进行基因差异表达分析。

进一步地，所述分析方法还能进行融合基因分析；

所述融合基因分析选择JAFFA、STAR-Fusion、TopHat-Fusion、FusionCatcher或SOAPfuse中的一种或多种软件进行。

进一步地，所述制备石蜡切片样本核酸文库包括以下步骤：

提取石蜡切片样本中的核酸；

基于所述核酸，合成单链cDNA；

基于所述单链cDNA，合成双链cDNA；