[发明专利]一种石蜡切片组织RNA分析方法

权利要求书

1.一种石蜡切片组织RNA分析方法，其特征在于，所述分析方法包括以下步骤：

对石蜡切片组织进行DNA降解，提取样本RNA；

制备石蜡切片样本核酸文库，并基于所述文库，对所述样本RNA进行测序；

对测序得到的所述样本数据进行质控，去除掉rRNA数据；

将质控后的样本数据与参考基因组进行比对，并对所述比对结果进行质控；

所述质控后的样本数据进行转录组组装和转录本定量，对基因表达进行定量分析；

基于所述转录本定量结果，进行基因差异表达分析。

2.根据权利要求1所述的石蜡切片组织RNA分析方法，其特征在于，所述分析方法还能进行融合基因分析；

所述融合基因分析选择JAFFA、STAR-Fusion、TopHat-Fusion、FusionCatcher或SOAPfuse中的一种或多种软件进行。

3.根据权利要求1或2所述的石蜡切片组织RNA分析方法，其特征在于，所述制备石蜡切片样本核酸文库包括以下步骤：

提取石蜡切片样本中的核酸；

基于所述核酸，合成单链cDNA；

基于所述单链cDNA，合成双链cDNA；

修复所述双链cDNA末端；

确定所述双链cDNA的连接接头，对所述连接接头的DNA进行PCR扩增，得到石蜡切片样本核酸文库。

4.根据权利要求1或2所述的石蜡切片组织RNA分析方法，其特征在于，所述对测序得到的样本数据进行质控包括：

去除测序接头序列、低质量序列和N碱基组成的序列；

对过滤数据的去接头后的碱基数、碱基质量大于20的百分比、碱基质量大于30的百分比、GC含量、N含量、平均读长长度、rRNA比对率、过滤后read数目进行筛选；

选择符合设定阈值的数据和样本进行后续分析。

5.根据权利要求1或2所述的石蜡切片组织RNA分析方法，其特征在于，所述将质控后的样本数据与参考基因组进行比对包括：

将获得含有核酸序列信息的样本序列与参考基因组进行比对；

获得比对上参考基因组的样本序列。

6.根据权利要求5所述的石蜡切片组织RNA分析方法，其特征在于，所述将获得含有核酸序列信息的样本序列与参考基因组进行比对中，选择TopHat、STAR或HISAT2中的一种或多种工具对样本序列与参考基因组进行比对。

7.根据权利要求1或2所述的石蜡切片组织RNA分析方法，其特征在于，所述对比对结果进行质控包括：

对石蜡切片组织的比对结果文件进行质量评估；

去除重复序列。

8.根据权利要求7所述的石蜡切片组织RNA分析方法，其特征在于，所述对石蜡切片组织的比对结果文件进行质量评估包括：

对重复序列的比率、比对率、唯一比对率、外显子比对率、内含子比对率、基因间区比对率、表达效率、检测到的转录本、检测到的基因或序列覆盖均一性中的一种或多种数据进行评估。

9.根据权利要求1或2所述的石蜡切片组织RNA分析方法，其特征在于，所述对基因表达进行定量分析选择RSEM、eXpress、HTseq、Cufflinks、StringTie、Sailfish、Salmon、quasi-mapping或Kallisto中的一种或多种软件进行。

10.根据权利要求1或2所述的石蜡切片组织RNA分析方法，其特征在于，所述基因差异表达分析选择DESeq、limma、edgeR、Cuffdiff、Ballgown、DESeq2或sleuth中的一种或多种软件进行。